秸秆腐熟剂是富含纤维素、半纤维素、木质素和其他有机质的微生物菌群，能快速腐熟秸秆等有机废弃物，使秸秆中的有机质、磷、钾等元素成为作物所需的营养，并产生大量的有益菌，抑制有害菌，减少病害发生；同时能刺激作物生长，提高土壤有机质，增强作物抗逆性，减少化肥使用量，改善农产品品质。其使用方法如下：
    机械化麦草全量还田 机械化麦草全量还田是有效解决秸秆去向的最简便易行的方法，在小麦收割时将麦草切割成5厘米以内的小段，铺匀后施基肥，同时撒施适量秸秆腐熟剂和尿素，上水沤2～3天后用大功率拖拉机旋耕，平田后插秧。注意要经常脱水排毒，以防秧苗受有毒物质伤害造成僵苗。
    秸秆堆肥 采用秸秆腐熟剂进行秸秆堆肥，堆积时间短，有机质和养分损失少，而且堆积温度达60～70℃，可杀死大部分病菌、虫卵和杂草种子，消灭有害物质比较彻底，堆积完成后是优质的有机肥料。具体方法：在田头和路边空地，将废弃的秸秆分3～4层堆积，每层上面洒一定量的细土，第一层堆积好后喷洒一定量的水，使秸秆充分湿润，然后撒适量秸秆腐熟剂，第二、三、四层同上，堆积好后用塑料薄膜覆盖密封，用绳子固定，以防风吹漏气。在秸秆堆四周挖一条小沟，通向稻田内，以防腐熟过程中有液体流入河中污染水体或伤害鱼虾。