成熟的棉絮遇雨后，棉纤维会受污染，使洁白的棉纤维出现难看的斑点，甚至会造成霉烂变质。因此，要注意天气预报，抢在雨前采摘棉花。据《农资淘宝指南》介绍喷施新高脂膜800倍液，可有效地防病菌侵染、防污染。
据《农资淘宝指南》介绍棉花吐絮后期，应喷施护树将军+棉花壮蒂灵，喷施于棉株的叶面和中、上部青铃上，加强棉桃营养输送量，提高膨大活力，加快棉树循环现蕾，循环吐絮，提高纤维质量，同时防止外界病、虫对棉花的侵害，提高抗性，减少不必要的损失。
采摘棉花时，要分好、坏、差分开采摘、晒、储存，不能混淆，以便分级出售。在晒棉花时，忌在水泥地面和晒席上晾晒，应用透气的竹帘、竹笆按不同等级分开翻晒，以保证棉花的品级