高元恩认为，提升自主创新能力，企业应该是主体。企业是市场经济的载体，企业最了解市场需求，能够将产品研发和市场需求进行最优结合。从行业的角度看，以企业为产品研发主体，其社会成本也是最低的。企业也要有长远眼光和忧患意识，在发展的同时逐步打造科研队伍和研发平台。

国家也应努力营造良好的自主创新环境。一方面要加大对科研创新的政策和财政支持力度；另一方面，对创新的另一载体——大中院校和科研院所，在科研、创新的方向上加以引导。高元恩认为，企业创新要以市场为导向，而科研院所则应承担大量基础性、前瞻性、公益性的研究。“很多基础性、关键性的科研突破并不能带来直接的利益，这些就要由政府引导，由专门的科研机构来承担。”

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