鳄龟在疾病发生过程中，自身的免疫力、种质质量以及所生活的水域环境里的微生物菌群等生物因素也具有重要的作用。

( l ）鳄龟自身免疫力：相对而言，稚龟和幼龟对疾病的抵抗力较弱，成龟和种龟的抗病力较强。此外，在不同的生长季节和发育阶段其抗病力有所差异。低温冬眠时，鳄龟的生理代谢较弱，对病害的抵抗力较低。种龟在交配产卵后的生活阶段免疫力也会发生下降。鳄龟的自身免疫分为特异性免疫和非特异性免疫。

鳄龟的特异性免疫力是龟机体受到病原微生物等抗原异物刺激后产生的获得性免疫。除极少数细菌和病毒侵人在一次获得特异性免疫后可终身免疫外，绝大多数病原引起的特异性免疫力都有一定的时间限制，经一段时间后此特异性免疫力就会消失。非特异性免疫则是由生理状态和身体防御结构形成的对疾病的抵抗系统。因鳄龟的年龄、营养、体温不同，其非特异性免疫力有所不同。一般营养状态良好、两三年龄鳄龟的非特异性免疫力强。若营养不良可直接导致鳄龟的抵抗力降低，投喂不科学使龟取食不正常或食物营养搭配不协调，缺乏维生素、矿物质等，都可导致其生长受影响和病害发生。身体防御系统包括体表、背腹甲屏障和吞噬细胞等生理防线。当鳄龟经运输或其他人为操作导致机械损伤后极易感染疾病，概因其重要的天然屏障被破坏从而使病原侵人所致。因此，加强饲养管理，控制和改善鳄龟养殖水体的环境条件，减少人工操作的损伤，增强鳄龟机体的抗病能力可从根本预防鳄龟病害的发生。

( 2 ）水体微生态系统：养殖水体内的微生态系统与鳄龟的健康养殖有着紧密的联系，此系统包括鳄龟体内的微生物菌群和体外水域里的微生物系统。众所周知，微生物菌群含有对养殖动物有益的微生物群体，也含有致病的有害的菌群。一般条件下，微生物与其周边生存的环境形成一种平衡关系，即构成一种微生态平衡。但在人为养殖过程中，密度增加、强化投饲、药物投喂与消毒、换水施肥等在一定程度上破坏了原有的水体微生态平衡，抑制了有益微生物的生长，致使有害微生物滋生、致病微生物数量急剧增加，从而引发养殖鳄龟发生病害。因此，维持养殖水体微生态平衡，将病原微生物控制在发病临界点以下对于鳄龟的疾病防治具有重要作用。

引发鳄龟疾病的病原微生物主要有病毒、细菌、真菌和原生动物等。通常由此类致病微生物引发的鳄龟病害具传染性，危害性较大。

( 3 ）其他生物侵染：鳄龟养殖同一水域内的其他生物有时也会引发疾病。如病原体的其他宿主可成为养殖鳄龟的传染源。蚊虫叮咬也会引发炎症和其他传染性疾病。