新石器早期遗址还相对稀少，但是其偏晚阶段以农业经济所主导的村落社会的基本雏形已经形成，在个别适宜的地方甚至相当辉煌。比如距今八九千年左右南方中国的彭头山、城背溪、上山、跨湖桥等以及北方中国的贾湖、裴李岗、磁山、老官台、后李、兴隆洼等遗址，农业经济已经相当发达，遗址内部已有居住区、储藏区、墓葬区等功能划分，其中贾湖的骨笛、绿松石饰品，兴隆洼的玉器等工艺品已经非常精美，兴隆洼和彭头山等遗址外围甚至出现了环壕等防御设施。这些经过较为充分发掘的遗址和周边相似的聚落共同组成较大的聚落群，俨然已经是较为成熟的地方性文化共同体并获得了考古学文化的命名。

到距今七千年至五千年的新石器时代中期，各文化区一方面发展经济，增加人口，扩大规模，强化特征，同时也不断向外扩张，但相对而言，还是在相互隔绝中发展演变，因此地方性不断加强，这是由于这个阶段环境相对适宜，人口仍然不是太多，尚有充足的扩展空间，向外进行拓荒式移民可能是最重要的扩张形式。那些移出去的，又因为隔绝而不断分化为新的文化类型，区域特色不断增强。苏秉琦先生概括的六大区系类型基本上囊括了当时中国主要地区和主要文化及亚文化类型。而这种文化格局也大致上奠定了后世中国地域性文化传统的早期基础。

此时，中原地区表现的相对突出，一来因为黄土高原尤其是其东南缘诸河流谷地在地理区位、地貌、土壤等方面的环境优势，比如黄土是非常优质且易于开垦的旱作农业土壤，不仅具备土壤腐殖层、淋溶层、淀积层等，垂直节理发育，而且黄土地带植被不太发达，加上气候和农业技术等因素的耦合，很快成为较为理想的开发对象；二来该地区农业和其他经济形态多样发达，在贾湖时期即接受稻作农业影响，仰韶时期借助优越的环境气候，初步形成了粟——黍作与稻作的混合农业，比如在豫西、关中（扶风案板）、甘肃（西山坪）等仰韶文化的腹心地区都已经了种植水稻的遗迹；三是河谷地带人口密度相对较高，空间交往条件好，社会组织能力强，仰韶文化的遗址分布密集，数量多，规模大，堆积厚，在全国其他地方均罕有其匹；四是充分利用不断升温造成的新的宜居环境，沿着河谷向外快速扩张。黄河中游及汾河、渭河、伊洛河以及黄河上游的湟水等众多深切的支流河谷不仅显示出强大的汇聚能力，连山前坡地、台地和黄土高原、华北平原部分也基本上被仰韶人所占据、开发。因此，仰韶文化不仅自身空前繁荣，并派生出被苏秉琦先生概括的兄弟文化如后冈文化、马家窑文化、海生不浪文化、红山文化等关联文化，且对大致同时的海岱地区的大汶口文化、江汉地区的屈家岭文化、江淮地区的青莲岗文化以及江浙地区的崧泽文化等形成辐射式影响。

新石器时代晚期即大约距今约五千年后，由于文化区间空白地带渐渐消失，环境变化，人类社会动能加大，互相间发生普遍的碰撞，各区域间交流与互动乃至冲突增强，文化进入调整与重组期，尤其是聚落间和聚落内分化加强，奢侈品在上层之间的交流与争夺，使社会与意识形态建设速度加快，个别区域的中心聚落比如良渚等已初步形成具有经济、文化、宗教和社会管理的城市功能，一场社会的巨变正在孕育中，有人认为此时已经进入初期文明阶段。

我们通常所讲的新石器时代，其实是个不能完全按照石器制作技术衡量的复杂概念，石器既不是这一时期最具代表性的文化因素——中国的石器中在兴隆洼阶段即分化出玉器，并被赋予重要的审美和意识形态意义；这个时期的的中晚期的若干遗址也已经出现了冶铜制器的遗迹，比如仰韶文化的姜寨、齐家文化多个遗址、中原的王城岗等龙山遗址，以及石峁和陶寺等。玉器、铜器当然是很耀眼和很重要的新因素，以至于有人提出玉器时代的与铜石并用时代的新概念，但是这些都应该属于以石器为主要工具的农业社会的伴生性文化因素，其出现只是共同组成了一个大时代并形成了一些更为复杂的文化共同体，尚未能发挥改变社会性质的关键作用。华北（河南荥阳青台村出土的罗织物距今5630年）和华南（浙江湖州钱山漾出土的绢片距今4750年）也已经明确发现了后来在中国对外交往中发挥过重要作用的人工丝织品。不少肯定是源自西方的重要文化因素比如小麦、黄牛、绵羊等也开始在北方乃至中原、山东的一些遗址广泛出现。