冻藏菠菜可分为普通冻藏和通风凉藏二种。

（1）普通冻藏法选择背荫干燥处，沿东西向设阴障，在障北侧的遮荫范围内挖一条或若干条沟，其规格因地区气候条件而异，在北京地区沟深多为15厘米左右，宽度依菠菜把大小和摆放数量而定，一般为30厘米左右，然后在沟底铺一层细沙，待气温稳定降至0℃以下，再将菠菜捆成把入为，随即盖一层细沙，随着天气的变冷，分期覆土，其覆土厚度和次数因地区气候条件而定，北京地区多分为2～3次覆土，总厚度为17～20厘米，在严寒季节可在上面再加盖草苫，保证沟内温度为－6～8℃，使叶片结冻，但根部不结冻。

（2）通风沟冻藏法此法基本上与普通冻藏法相同，其不同点是，沟深12～15厘米，宽100～200厘米，在沟底沿走向挖2～3条深、宽各20厘米的通风道，并在通风道上横架单层秫秸，其上放菠菜，菠菜上再进行薄层覆盖，以后再分期覆盖，其覆土方法同普通冻藏法。沟内的通风道露出地面，初期应敞开，以利降温，使菠菜冻结，以后随天气变冷逐步堵塞。开春后，地温上升，再把通风道的草把子逐步移开。

冻藏的菠菜上市前从沟中起出来，放在菜窖或稍高于0℃的室内经3～5天自然解冻，完全恢复后，再整理出售。