流行病学本病多发生在经ND免疫接种的鸡群，尤其是二免前后的小鸡或产蛋前的成鸡，甚至数日龄的雏鸡也可发生，发病率、死亡率明显低于典型ND，每日或隔日死亡数十只，传播速度缓慢。如不采取正确的防治措施，病毒在鸡群中常可持续数月甚至数年，其症状和病变主要出现在呼吸道，常常与IBD、IB、大肠杆菌病等混合感染，对发病群以一定比例采血做HI试验时，其HI滴度参差不齐。临床症状日龄小的鸡比日龄大的症状明显，但均比典型新城疫症状缓和，患病鸡除精神沉郁，翅膀稍下垂，羽毛蓬乱，蹲伏，厌食，厌水，驱之尚可运动外，主要表现不明显的呼吸道症状，夜间可听见鸡群有明显的呼吸音，有的病鸡张口伸颈，呼吸时发出“呼噜”声，气喘，呼吸加快，进而困难，有喘鸣音，咳嗽，口中有黏液，有摇头和吞咽动作，企图将黏液排出，并出现零星死亡。一周左右，大部分病情好转，但少数鸡相继出现腿、翅麻痹，歪头，呈现神经症状，吃食减少，排黄褐色稀粪，死亡率15%~25%，成鸡或开产鸡症状不明显，主要表现为产蛋量急剧下降，软壳蛋较平常明显增多，蛋壳颜色变浅，维持10天~20天后逐步回升。
　　病理变化常把十二指肠、蛋黄蒂下端及盲肠中间的回肠出现枣核样的出血、溃疡作为特征性变化。鼻窦肿胀、充血，胸腺肿大、淤血，喉头出血，气管内有大量黏液，气囊混浊并有干酪样分泌物，心冠脂肪有出血点，腺胃乳头出血，肠道可见枣核肿胀、出血，十二指肠卡他性炎，肠壁增厚，盲肠扁桃体的变化较一般肠道性疾病的肿胀，出血明显，此症状较多见，占60%~70%，泄殖腔黏膜有出血点，占50%。
　　血清学检查在免疫鸡群所检血清HI抗体效价参差不齐，因此应重视HI效价检测，对判定是否有新城疫具有实用价值。
　　非典型鸡新城疫的防治除严格执行综合防疫灭菌消毒措施外，还应考虑以下几个方面：
　　1.坚持抗体监测制度。对于大型现代化鸡场，通过新城疫血清学监测手段，及时了解抗体水平，以确定最佳免疫时间。
　　2.加强免疫接种。弱毒活疫苗—灭活疫苗免疫法：在初免应用弱毒疫苗免疫后，虽然抗体高峰状态已经过去，但还存在残留抗体时，用灭活疫苗作追加免疫，则可获得高效、持续性良好的免疫效果。此方法除可产生全身免疫外，还可引起良好的局部免疫。
　　3.当鸡发生新城疫时，应马上采取紧急措施，将病鸡隔离，淘汰或注射蛋黄液抗体，同时马上对全群鸡作紧急接种，每只鸡用Ⅰ系疫苗3羽份加Ⅳ系疫苗4羽份，再加青霉素、链霉素各2万单位～4万单位，混合后肌注，一星期后新病例的发生就会停止。