已表明中等毒力的法氏囊疫苗过早（在12日龄前）使用会损伤免疫系统，从而影响其它抗体的效价，另外鸡贫血因子、霉菌毒素对免疫系统也有抑制作用。所以法氏囊疫苗尽量在12日龄后使用，并且尽量在新城疫Ⅱ或Ⅳ系后使用。新城疫、传支、传喉苗相互有影响，新城疫苗与传支苗要相隔1周以上使用，与传喉也要有8天以上的间隔时间。