另外方剂煎液中的皂苷可与生物碱、酚性或甾萜类成分生成分子络合物。例如，早在60年代初，对由12味中药组成的复方天麻钩藤饮的化学研究，发现在复方水煎液中牛膝的皂苷与桑寄生中酚性物质之间有明显的化学变化，变化的产物既不具有皂苷的溶血反应，也改变了鞣质及酚性物质遇三氯化铁呈色的显色反应，还使本来对动物有效、毒性大的桑寄生中酚性物质毒性明显减弱，正是由于牛膝皂苷与桑寄生中酚性物质生成分子络合物所致。甘草与甘遂配伍后，甘草酸与甾萜类成分形成分子络合物，使甘遂中甾萜类成分溶出增加，毒性增大。四逆汤中附子与甘草配伍后，由于甘草中甘草次酸与附子中生物碱形成分子络合物，使附子生物碱在体内缓慢释放，避免了机体因短时间内吸收过量生物碱在体内缓慢释放，避免了机体因短时间内吸收过量生物碱而引起的强烈反应。喜树碱具有抗癌作用，但有毒性，当其与甘草酸配伍后，喜树碱生成分子络合物，不权增强喜树碱抗癌作用，而且使其毒性降低。当黄连与甘草配伍时，黄连中的小檗型生物碱与甘草中甘草酸等酸性物质结合，生成分子络合物。该络合物可溶于人工胃液，故有可能发挥小檗碱型生物碱所具有的抗菌活性等药效。分子络合物的形成，不但改变了原来有机分子的溶解度等理化性质，而且对其疗效产生影响。
　　化学动力学产物

　　中药方剂水煎时，各种成分可发生水解、聚合、氧化、还原等各种化学反应，并伴随着新物质生成。这些新物质也称之为化学动力学产物。
为探讨生脉散独特疗效的物质基础，对其水煎液进行化学研究时，从中分离到一个新成分。经UV，IR，MS及NMR谱鉴定，为5-羟甲基-2-糠醛（5-HMF）。同时对人参中人参皂苷变化规律进行研究，发现诸药合煎能使Rb1，Rb2，Rc，Re，Rg1含量明显升高。四逆汤经现代研究证明，附子中含有毒性极大的乌头碱，在煎煮过程中乌头碱被水解，转变为乌头原碱，毒性大为降低。枳术丸为枳实和白术组成，煎煮过程中方剂中苍术内酯和羟基苍术内酯被还原成为苍术酮。对麻黄汤的研究发现，杏仁中苦杏仁苷水解产物苯甲醛和桂枝中的桂皮醛在煎煮时能与麻黄碱产生化学反应，形成两种很易分解的新化合物。苦参、丹参、茵陈等配伍，在水中合煎，氧化苦参碱与原儿茶醛溶液共同加热，可转变为苦参碱。从前面的实例可以看出，方剂水煎液因各成分间的化学动力学变化，生成新的物质，这些新物质往往与药材中原有成分不同，本身就可能开发成新药。
　　综上所述，中药方剂用水煎煮时，由于方剂合煎时的高温以及溶液中复杂的化学环境，可能在溶液中发生固有物质间的络合、水解、氧化、还原等反庆，从而生成溶液中原来没有的某些新物质，这些新物质对全方产生增效、减毒或改性等药效作用。但是，在大多数情况下，由于新物质的量较少，只起到协同或辅助药效的作用。随着新物质生成量的增加，由量谱到质变，新物质将会显示自身独特的药铲。因此，加强中药方剂水煎液中新成分形成机制、稳定性及其药效的研究，对加速中药新药开发研究速度，提高呀经新药水平，逐步缩小中药新药与国际间的差距，有着十分重要的意义，同时也为研究开发中药新药增加了新途径和新来源。