国有种子公司面临体制改革6大难题：官办公司、官员任职、权责不清、政企不分、政府庇护、冗员难办，但最关键的是产权结构问题，国有种子公司改革的根本出路在于产权多元化，实行股份制改造，根据中央政策，体制改革可以采取多种所有制形式。但实际操作起来困难重重，有观念方面的，有理论方面的，也有人为设置的障碍。一种是一部分胸怀谋略、志在高远的经理，试图抓住机遇，加快改制以抢滩种子市场，但遇到很大的阻力，特别是顶头上司怕丢失权力和利益。一种是种子公司积累问题太多，改制触及少部分人的切身利益，遭到多种形式的抵制和反对。还有所谓“国有资产流失”、“改制卖方缺位”、“员工身份转换”以及“经营者为什么持大股”等人为设置的理论和实践的障碍，让最有决心的改革者也望而却步。致使绝大部分国有种子公司观望等待。特别是还有拒跨国公司于种业门外的“四部一委”文件能抵挡一阵子，希望能再有几年的喘息机会，“骑着毛驴看唱本”走着瞧！拖延的时间越长，改革的压力越大，付出的改革成本就越高。

机遇和挑战并存。中国种业有自己广阔的生存空间，但也存在体制和观念上的障碍。世纪之交，中国种业正在进行一场新的体制和思维革命，以及观念转换和战略抉择。面对强大的竞争对手，要抓住时机，加速改革，构建集团，驾驭策略，参与国际种业市场竞争。

三，育种科研体制改革行动滞后

育种研究是品种创新的源泉，种子是企业生存的物质基础，也是种子市场的核心竞争力。哪个企业拥有种子产权和育种家，就有可能拥有市场。但中国育种研究机构受体制、机制的制约，历史遗留下许多沉重的包袱，特别是省级以上科研院所，机构臃肿、条块分割、人员众多，低水平重复和老牛拉破车的效率，投入产出不呈正比。而生产上推广面积比较大的各类作物优良品种，几乎大部分出自基层科研单位或农民育种家之手。

中国育种科研体制改革进行了好多年，雷声响，雨点小，动作缓慢。原因是维护“官本位”、保住“新家族”以及存在的“市场恐惧征”。院所领导担心改革会打碎了在计划经济体制下享受的“三铁”，即铁饭碗、铁椅子、铁工资；进而造成“三丢”，即主管部门丢失权力，院所领导丢失位置，科研人员丢失身份。不敢设想也害怕在全部砍掉事业费进入市场后的生存之路，总是希望继续从政府那里获得支持，为自己多留一条后路。多数人愿望维持现状“走着瞧”，宁可苦撑，不愿冒险，“捧着金碗讨饭吃”，科研单位至今没有几家体制改革创新的典型。

基础研究政府办，应用研究企业办，已成为今世农业科研发展的主流。江泽民总书记在党的十五大报告中指出，要“充分发挥市场和社会需求对科技进步的导向和推动作用，支持和鼓励企业从事科研、开发和技术改造，使企业成为科研开发和投入的主体。有条件的科研机构和大专院校要以不同形式进入企业或同企业合作，走产学研结合的道路，解决科技和教育体制上存在的条块分割、力量分散的问题”。《农业发展纲要》明确指出，育种机构改革有两条出路，一是自办企业，二是进入企业，走产业化发展道路，充分发挥品种和品牌的竞争优势。《种子法》也为育种科研单位放开搞活进入市场铺平了道路，但实施过程中遇到几个难题：一是资金不足。按照种子法规定，注册一家500万元的种子公司只能在省（区）较小范围内营销；注册一家3 000万元的种子公司又资力不及。二是科研单位面临体制改革，机构重组，部分应用研究学科要走向自办企业或进入企业，主管部门担心刚注册的种子公司来不及盈利就被剥离出去，国有资产岂不白白“流失”？但形势所迫，不进行改革，科研经费日益紧张，更多的育种家将被外企或民企“挖走”或自动地“跳槽”。