玉米丝黑穗病主要在玉米穗部表现症状，玉米瘤黑粉病除在穗部表现明显症状外，还会在其他部位出现黑瘤。但这两种病害发生特点相似，防治方法也差不多，都需要从播种开始就加强防治。
　　玉米丝黑穗病是由真菌引起的系统性病害，病原为丝轴黑粉菌。主要以土壤、粪肥、种子等带菌，土壤中病残株上的厚垣孢子是传染的主要来源，种子上粘着的孢子也可以传播。种子发芽时，病菌也萌发，侵染幼苗（病菌多在玉米5叶期前侵入），到穗期出现典型症状。雄穗发病，部分或整个花器变形，内充满黑粉。果穗发病，除苞叶外，全部被病菌破坏，外观像健穗，内部全为黑粉。黑粉散落后，只留下寄主维管束。
　　防治方法
　　1、轮作。重病区可选择与大豆、蔬菜、马铃薯等作物轮作。减少土壤中病菌积累。轮作期3年。不能与高粱轮作。
　　2、选用抗病品种。目前我省玉米生产上大面积使用的苏玉18号、苏玉19号、苏玉20号以及掖单系列、农大系列、中单系列品种抗病能力均较强。
　　3、种子处理。这是防治玉米丝黑穗病的关键，最好选用包衣种子，也可以用药剂拌种。药剂拌种，在播前精选种子，放入容器内，加入种子量1%的水，把种子拌湿，然后把种子量0.1-0.2%的12.5%烯唑醇（特普唑）粉剂均匀拌到种子上，稍晾干即可播种。拌药一定要均匀。适用药剂还有：种子重量0.4%的粉锈宁（有效成分25%）；种子重量0.5-0.7%的多菌灵、萎锈灵（有效成分均为50%）；种子重量0.3-0.5%的12.5%速保利可湿性粉剂、50%甲基托布津可湿性粉剂。
　　4、拔除病株。及早拔除田间笋状、矮缩丛生、叶上有黄条以及茎叶异常、畸形的植株，带出田外集中深埋或烧毁，不可随意丢放，也不要用来喂家畜。秸秆肥要堆沤发酵，杀灭病菌。