一、辣椒疫病 
    1.症状 苗期、成株期均可发生。苗期发病，主要危害根茎，使根茎组织腐烂、病部缢缩，幼苗倒伏，引起湿腐，枯萎死亡。定植后叶片染病，病斑圆形或近圆形，呈暗绿色水渍状，迅速扩大使叶片部分或大部分软腐，干燥后病斑变成淡褐色，叶片脱落。茎部受害产生水渍状病斑，扩展后变病斑加长，后期病部变为黑褐色，皮层软化腐烂，病部以上枝叶迅速凋萎，而且易从病部折断。果实染病始于蒂部，先出现水浸状斑点，暗绿色，后病斑扩展，果皮变褐软腐，果实多脱落或失水变成僵果，残留在枝上。 
    2.传播途径及发病条件 该病由辣椒疫霉菌侵染所致。旬平均气温10℃以上，棚室内辣椒即可发病，27～30℃发病最快，在日照少、空气湿度大，土壤蒸发量小的条件下，就可侵染发病。漫灌时，极易造成严重发病。病菌可在病残体上和种子上越冬，来年直接侵染基部。辣椒(甜椒)疫病是保护地毁灭性土传病害。
    3.防治方法 选用无病新土育苗或床上进行消毒。用25%瑞毒霉可湿性粉剂或75%百菌清可湿性粉剂按每平方米8克加10～15公斤细土拌匀，将三分之一药土施入床内，播后奖剩余三分之二药土覆盖。
    加强田间管理。注意通风透光，防止湿度过大。选择晴天的上午浇水，浇水后提温降湿，避免高温高湿，及时拔除病株并清除出棚室集中处理。
    药剂防治。定植后可喷80%代森锰锌可湿性粉剂600倍液加以保护，15天一次。发病初期可喷洒40%已磷铝可湿性粉剂200倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾M8可湿性粉剂400～500倍液，每亩施药液40公斤，隔7～10天一次，连续2～3次。棚室中还可使用45%百菌清烟剂， 每亩每次250克，或5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤，隔9天左右一次，连续防治2～3次。
    二、辣椒炭疽病 
    1.症状 叶片染病，初为褪绿色水浸状斑点，逐渐变为褐色，中间淡灰色，病斑上轮生小黑点。果柄有时受害，生褐色凹陷斑且不规则，干燥时干裂。果实被害，初现水浸状黄褐色圆斑或不规则斑，斑面有隆起的同心轮纹，并生有许多黑色小点，潮湿时病斑表面溢出红色粘稠物。果实上的病斑易干缩呈膜状，有的破裂。
    2.传播途径及发病条件 由辣椒剌盘孢菌侵染所致。病菌发育温度12～32℃，最适温度27℃，空气相对温度95％左右。棚室种植条件下，由于湿度大，温度高，往往发病较重。受日灼伤害以及受各种损伤的果实炭疽病发生严重。种植密度大，排水不良以及施肥不当或氮肥过多，也会加速该病的发生、扩展和蔓延。病菌在病残体、土表和种子上越冬，从伤口侵入，借风、雨、昆虫等传播。
    3.防治方法 选用抗病品种，无病株留种。
    种子处理。用凉水预浸1～2小时，然后用55℃温水浸10分钟，再放入冷水中冷却后催芽播种。也可先将种子在冷水中浸10～12小时，再用1%硫酸铜浸种5分钟，或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸1小时，捞出后用草木灰或少量石灰中和酸性，再进行播种。
    加强田间管理。合理密植，配方施肥，棚室适时通风，避免高温高湿，注意排水，及时清除病叶、病果及残体，实行与非同种蔬菜2～3年轮作。
    药剂防治。发病初期可喷洒70%甲基托津可湿性粉剂600～800倍液、或80%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、或75％百菌清可湿性粉剂800倍液混合喷洒，或50％炭疽福美可湿性粉剂300～400倍液或1:1:200倍的波尔多液，每隔7～10天喷一次，共防2～3次。
    三、辣椒灰霉病
    1.苗期、成株期均可发病。幼苗染病，子叶先端枯死，后扩展到幼茎，幼茎缢缩变细，易自病部折断枯死。发病重的幼苗成片死亡，严重的毁棚。真叶染病出现半圆至近圆形淡褐色轮纹斑，后期叶片或茎部均可长出灰霉，致病部腐烂。成株染病，叶缘处先形成水浸状大斑，后变褐形成椭圆或近圆形浅黄色轮纹斑，密布灰色霉层，严重的致大斑连片，整叶干枯。果实染病，幼果果蒂周围局部先产生水浸状褐色病斑，扩大后呈暗褐色，凹陷腐烂，表面产生不规则轮纹状灰色霉状物。
    2.传播途径及以病条件 该病由灰葡萄孢真菌侵染所致。棚内低温(20～30℃) 、高湿(90%)通风不良，密度过大，管理不当，植株抗病性差等发病较重。病菌在病残体及土壤中越冬，借气流灌溉水及农事传播，从伤口衰老或死亡组织入侵。