在科研方面，夏俊芳主持和主要参加完成各级科研、开发项目20余项；获鉴定成果6项；制订湖北省地方标准2项；获国家发明专利7项，实用新型专利14项；发表学术论文近60余篇，其中获国家和省级优秀学术论文奖10余篇，SCI、EI收录30余篇。夏俊芳主持和主要参加完成的科研项目有：国家农业科技跨越计划项目“船式旋耕埋草机技术集成与产业化示范”；国家科技支撑计划课题“南方多熟制稻区水旱连作保护性耕作技术创新试验研究”；2012年农业部公益性行业（农业）科研专项经费项目201203059“水稻不同种植方式的机械化技术集成与示范”课题“秸秆还田技术与机具”；农业部保护性耕作项目“湖北省麦稻连作保护连作保护性耕作创新试验研究”；2013年国家自然科学基金项目51275196“水田高茬秸秆旋耕翻埋机理及其多场耦合机制的研究”；国家自然科学基金项目“高茬水田土壤动态切削机理研究”；农业部农技推广与体系建设专项经费（农机）项目“农机农艺技术融合的棉麦套作保护性耕作创新试验研究”；“十二五”农村领域国家科技计划项目“现代多功能农机装备制造关键技术研究”中课题“轻简化水田作业关键装备研制与示范”的分项研究任务“自走式水田适度耕整机械”；湖北省研究与开发计划项目“水稻轻简栽培机械化技术与装备研究与开发”子课题“水稻轻简栽培机械化关键装备的研发”；湖北省科技攻关项目“船式旋耕埋草机研制”；湖北省新产品开发项目“1GMCL-70型船式旋耕埋草机”；湖北省科技攻关项目“船式水力自动挖藕机研制”；湖北省科技攻关项目“地膜棉精密播种装置研究”；华中农业大学重点项目“水稻播种施肥机研制”；华中农业大学创新基金项目“玉米轻型种植机械化技术及装备研究”；主持完成了湖北省标准局下达的《船式旋耕埋草机械》和《油菜免耕直播机作业技术规范》地方标准制定；中国工程院委托的“南方油菜生产机械化发展战略研究”项目；省农业厅项目“湖北省农业机械化发展战略研究”；省农机办项目“利用韩国贷款建设湖北省水稻机械化示范区”；华中农业大学项目“数字化土槽试验台车设计与制造”；横向项目“油菜联合播种机组研制”、“农作物高秆翻埋还田机械化技术”、“水旱保护性耕作机械化技术”、“小型水稻水直播机”、“1GF大中型旋耕施肥机”、“棉花营养钵苗移栽施肥机”、“棉麦套作机械化技术”、“饲料工厂设计”、“蝇蛆养殖加工设备设计”等。

吉林大学生物与农业工程学院教授于建群，先后为本科生主讲“机械设计基础”、“机械设计”、“气液压传动”、“包装结构设计”、“机械优化设计”等6门课程；为研究生主讲过“系统建模与仿真”、“离散元法及其应用”、“生物芯片及其应用”等3门课程。

在任学校系主任期间，于建群负责和主持吉林大学“农业机械化及其自动化”本科专业建设及改革工作，2006年获批吉林省高等教育教学研究课题“现代农业机械化及其自动化专业人才培养方案的研究与实践”，同时获批“十一五”和“十二五”吉林省特色专业建设项目，2009年获批教育部修购资金建设项目“农业机械化及其自动化本科实验教学平台建设设备购置”，2010年获批教育部“卓越工程师培养计划”试点项目，2011年与中国农业机械化科学研究院共同获批教育部“农业机械化工程国家级工程实践教育中心”建设项目，2012年获批教育部高等学校“专业综合改革试点”项目。发表教学研究论文2篇。

作为项目负责人的于建群，设计并研制出新型精密排种器——组合内窝孔精密排种器，系统建立了该排种器的设计理论和设计方法。该排种器经吉林省科技厅组织专家鉴定达到国际先进水平，获国家发明专利（ZL专利号97122327.0）并技术转让4个生产企业，使用该排种器开发的多种型号玉米精密播种机在吉林省十多个市、县推广应用，2001年，于建群获吉林省科技进步三等奖。

多年来，于建群作为项目主要参加人参与设计和研制的2BDY—6型高速气力精密播种机、2BM—6型精密播种机、2BS—2型精密播种机、1GH—2型根茬粉碎还田机等6种新机具，获2项国家发明专利并技术转让4个生产企业，在黑龙江和吉林2个省10多个市县推广应用，相关研究成果分别获2000年中国高校技术发明二等奖、2003年中国机械工业科技进步一等奖和2003年国家科技进步二等奖。