此外，针对重点问题开展专项监测工作。针对畜禽粪便污水处理效果，开展了农业面源污染监测工作，对粪污处理效果、还田质量等展开深度检测；针对无公害畜牧企业开展了养殖环境风险监测及监督监测，持续对无公害畜牧企业的养殖现状及风险因子进行监测分析，保障无公害畜产品质量安全。每年仅这两方面监测工作就涉及200余家畜牧养殖企业，涉及监测参数4000余项。

　　在硬件支撑养殖企业健康发展的同时，该站还在软件上下功夫。面对畜牧环境相关标准的匮乏，于1999年制定了我国首个畜牧环境领域的行业质量标准《畜禽场环境质量标准》，填补了领域空白，先后制修订行标、地标20余项，在场区布局、环境控制、粪污处理等方面提供了大量指导。为了将最新的养殖技术与理念传授给畜牧养殖者，该站平均每年培训全市畜牧养殖人员千余人次。

　　为市场畜禽食品安全提供保驾护航也是北京市畜牧业环境监测站的一项重点工作。在重点节假日，该站每年都开展无公害畜产品获证企业的督导检查工作，全年督导总量占全市无公害畜牧企业的30%以上，在无公害畜牧企业的认定周期内实现全覆盖，有效规范全市获证养殖企业生产管理。