据不完全统计，目前国内已获正式登记的植物疫苗主要有康壮素、益微菌、壳寡糖等20余个品种。
　　
　　市场推广有难度
　　
　　尽管生物农药拥有上述优势，而且已有植物免疫诱抗剂、植物源农药、杀微生物剂等多个品种可供选择，但也面临着共同的推广难题。
　　
　　赵毓潮认为，成本较高是生物农药面临的主要难题之一。
　　
　　“和化学农药相比，生物农药成本较高。使用其生产的农产品售价远高于普通农产品。”北京依科曼生物技术有限公司董事长杜进平表示，“但在市场机制不健全的环境下，真正高质量的产品又难以得到市场回报。”
　　
　　而另一方面，他向《中国科学报》记者分析道，曾有机构做过测算，每用掉1元的化学农药，就需要5元的后续环境治理开支。如果这些成本也被计入化学农药销售价格构成，生物农药的价格并不高。生物农药面临着这种不公平的外部市场制度环境，也是制约产业发展的重要因素。
　　
　　他认为，如果政府下决心解决农产品安全问题，就应该对使用生物农药的农户给予补贴。农户、企业、政府三方合作，将农户集中起来推广生物农药，形成规模化效应。韩国政府便通过大幅度补贴农户，间接促进生物农药企业实现盈利，并逐步走向正轨。
　　
　　赵毓潮建议，可采取生物农药逐步代替化学农药的方式，逐渐培养起农民使用生物农药的习惯。
　　
　　此外，邱德文认为，我国生物农药产业也存在研发与生产脱节的问题，应注重开展有实力的研究单位与龙头企业间的产业联合，整合科研资源，强化产品开发核心共性技术研究，在提高生物农药质量的同时降低成本。