土壤施肥有施用量大、污染环境等弊端。此外，有些情况下，仅仅土壤施肥不能满足作物的生长发育需求，达不到施肥的效果。　　

2. 忽视土壤环境　　

　　很多配方施肥指导单位给农民的施肥配方仅仅是土壤中肥料元素的丰缺数量，以及应补充的数量，让农民照单补充就是了。而大多数厂家忽视土壤的其他特性因素。　　

　　营养元素能否被作物吸收利用，不是一个单纯的数量补充问题，还受到土壤中多种因素的制约。如在偏碱性的土壤中，按照配方虽然大量补充了钙和铁等微量元素肥料，但是作物仍然缺钙和铁。沙性土壤和黏性土壤的施肥方法绝对不同。在这种情况下，单纯的土壤施肥根本解决不了作物缺肥的问题。　　

3. 不考虑外界因素　　

　　很多配方施肥措施没有考虑天气因素。在连阴天，尽管土壤施用了大量肥料，但是作物仍然缺少钾、钙、镁等肥料元素。在温室蔬菜的冬季栽培中，尽管按照测定的数值，给土壤施足了基肥和追肥，土壤中不缺大量元素、中量元素，也不缺微量元素，可是蔬菜仍然表现出缺氮、缺钾、钙等症状，生长发育不正常，产量不高。　　

　　不管天气、土质、土壤酸碱度等因素的差异，千篇一律地进行土壤基施、追施肥料，这样做不能完全体现出配方施肥的优越性来，很多时候还会给生产造成损失。　　

4. 脱离作物需肥规律　　

　　不同的作物在不同的生育时期的吸肥规律不同，如瓜类作物，苗期需要的氮肥较多，生长中期则需要较多的钾肥；豆类作物苗期仍需要少量的氮肥，生长中后期需要大量的磷、钾肥料。　　

　　根据需肥规律，在配方施肥中不仅应有量的体现，还应该有时间差异的反映。