肥害产生的原因比较复杂，与作物品种、土壤水分条件、施肥方式等因素有关。小面积肥害常由施肥不当引起，大面积肥害通常由肥料中有毒有害物质超出作物忍受能力或者特殊的气候条件导致。此外，“黑心肥”造成的减产、绝收，也应列入肥害范畴。
　　过频过量过于集中和长期大量偏施
　　过频、过量或过于集中施肥，会导致烧苗、枝叶徒长、倒伏、病虫害加重、萎蔫，重者可致植株死亡。比如过量施用尿素、硝酸钾、硫酸铵、碳酸氢铵等速效化肥，会灼烧树根；有机肥施用过于集中或未经腐熟，因分解发热并释放甲烷等有害气体，会对种子或根系产生毒害，易造成烧根；一次施用化肥或人畜粪尿过多，或施肥时水分不足，易引起烧苗或萎蔫。
　　长期大量施用某种肥料易导致作物营养失衡。比如，氮肥施用过多，会造成植物硝酸积累，叶片变黄。长期施肥品种不当，会加深土壤酸化或碱化，伤害作物根系。
　　有毒有害物质超出作物忍受能力
　　一是肥料中有毒有害物质超出标准要求，属于不合格肥料或假肥；二是虽然符合产品标准，但其含有的有毒有害物质超出了农作物忍受能力。
　　氯离子对忌氯的烟叶、茶叶、柑橘、葡萄、西瓜、马铃薯、甘薯、番茄等农作物施用含氯肥料，会严重影响作物生长。酸性土壤中，施用含氯化肥会使土壤酸性增强，增大土壤中活性铝、铁的溶解度，加重对作物的毒害。
　　缩二脲复合肥生产工艺中如高塔熔融喷浆造粒工艺，高温时间持续过长，可能会产生缩二脲。缩二脲会导致农作物烧苗、烧根，造成肥害。
　　游离酸游离酸超标会伤害植物种子和幼苗，游离酸含量高腐蚀性强，易导致土壤板结。若含量高于5%，施用后容易引起作物根系中毒或腐烂。
　　脱水型烧伤型毒害型肥害
　　脱水型肥害由于一次施用化肥过多，或施用浓度过大，或土壤水分不足，施肥后土壤内肥料浓度大，引起作物细胞内水分反渗透，造成作物脱水，往往使得作物萎蔫，轻者影响生长发育，重者造成死亡。
　　烧伤型肥害有的化肥如碳铵在气温比较高的情况下施用，容易产生大量氨气，烧伤作物叶片，轻者作物下部叶尖发黄，重者全株赤黄枯死。
　　毒害型肥害有的化肥如石灰氮，如果直接施用，会在土壤中转化，分解过程中产生有毒物质，毒害作物根部。又如在水稻田施用过量的硫酸铵后，稻根会因硫化氢毒害变黑，引起秧苗受害乃至死亡。
　　科学施肥加大有机肥投入
　　农民应通过肥料科学统筹管理防肥害于未然，做到“一要二不宜三不要”。
　　一要选用有机质含量高，经过发酵含有益生物菌的优质商品有机肥。如果使用动物粪便等土肥，也一定要经过充分无害化发酵后使用。土肥发酵时最好掺入有益生物菌，如EM液等。
　　二不宜一是尿素不宜作种肥，过磷酸钙拌种用量不能过多，最好是兑水施或拌土施；二是碳铵不宜在高温时施用，石灰氮不能直接施用，要拌细土或农家肥，进行堆积沤制，待毒素消失后再用。
　　三不要一不要使用含有激素的化肥和未发酵的动物粪肥；二不要使用含氯高和缩二脲超标的肥料；三不要贪图便宜，盲目购肥。