7月13日，农业部发布第4号、第5号、第6号令，三个《种子法》配套法规——《农作物种子生产经营许可管理办法》和《主要农作物品种审定办法》自2016年8月15日起施行，《农作物种子标签和使用说明管理办法》自2017年1月1日起施行。新《种子法》自今年1月1日实施，与之配套的三项重要管理办法分别进行了修订。
《农作物种子生产经营许可管理办法》对于育繁推一体化种企的要求，由注册资本1亿元、固定资产5000万元，转变为对科研经费、生产规模、种子经营金额和品种等的要求，即由不低于年利润的10%改为“经营杂交玉米种子的年均科研投入不低于1500万元，经营杂交水稻种子的年均科研投入不低于800万元”，强化了对龙头企业研发能力的要求，提高了育繁推一体化认定的门槛。
《主要农作物品种审定办法》将审批流程时间缩短，初审、通过品种的公示期、品种退出公示期均由60天缩短至30天；绿色通道规则明确生产试验可与第二个生产周期区域试验合并进行，申请者可以是联合体成员或育繁推一体化企业；省级品种审定试验点减至5个。
《农作物种子标签和使用说明管理办法》细化了对品种适种区域、种植季节、审定区域、质保期限、品种纯度净度等的标注。保护农民利益，通过明确种子身份，为种子可追溯提供条件，也有利于种子管理。