两种组织形式的运作略有区别。“龙头企业+合作社+农户”的运作方式是，首先由龙头企业根据市场需求预测，通过契约与合作社约定本年度生产的数量、品种及主要品质和技术指标。合作社再把生产任务分解落实到各个农户。在生产过程中，有的合作社还为农户提供购买生产资料的服务。生产过程所需的技术服务，一般由合作社提供，但也有由龙头企业提供或者由龙头企业为合作社培训技术人员。农副产品成熟后，由合作社(或与龙头企业一起)验级、收购，有的还作粗加工，而后由龙头企业集中并做最终加工和销售。企业把收购款拨付给合作社，由合作社分发给各农户。如作为烟台张裕葡萄酒公司生产基地的赤山镇，其葡萄品种的改良，就是由张裕公司先为合作社培训技术人才，然后由合作社提供技术服务。农副产品生产出来后，由合作社进行检验收购并组织运输，把农副产品集中交售给龙头企业。有的合作社在收购的同时还进行一定形式的粗加工，如芋头的脱皮、牛奶的初步保鲜、剔除蔬菜的烂叶等。一般情况下，都是由龙头企业进行验级，如前面提到的张裕公司和赤山镇农户的合作、三乐公司和河洛镇农户的合作；也有少数由公司和合作社共同验级，如照旺庄镇的宏达公司与宇敏蔬菜合作社的合作。

　　在“龙头企业+大户+农户”这种组织形式之中，大户的作用和合作社基本相似。但是，龙头企业并不通过大户规定农户的生产计划，大户只是起集中收购的作用，只有少数大户进行初加工。大户和农户间是一种纯粹的市场交易关系，收购时双方直接用现金结算。大户在收购时进行品质验级，在将集中收购的产品销售给龙头企业时，龙头企业将作再次验级。大户和龙头企业之间同样是市场交易关系。

　　“龙头企业+合作社+农户”和“龙头企业+大户+农户”，这两种组织的优势导源于其制度安排的改善，在一定程度上克服了单纯“龙头企业+农户”和合作社组织的不足，同时还融合了两者的优点，放大了组织的优势。首先，在这里，合作社和大户作为“中介”进入有着重要意义。一些最近的研究证实，合作社的成功得益于在合作社范围之内成员相互间的了解和信任(Bonus， 1999)。中国农村，是一个典型的静态社会，农民之间不仅相互了解，而且存在着相互间的监督。道德约束有着极强的制约力。因此，合作社或者大户能够对分散农户的机会主义行为进行监督和约束，从而弥补了前面提到的“龙头企业+农户”的组织缺陷。对赤山镇的调查表明，当葡萄的市场价格高于和张裕公司合同规定的价格时，农户为谋取短期利益，违约把产品转售给市场。但是，由于单个农户的行为处于合作社成员的观察之下，合作社从长远利益考虑，会主动地对农户的机会主义行为予以及时制止。大户的监督作用同样明显，一方面因为他置身于本土本地，对农户的生产信息了解；另一方面因为他和农户构成了市场交易关系，大户的质级验定可以直接制约单个农户的机会主义行为。

　　其次，两种组织通过合作社或大户集中收购和简单粗加工以后，降低了交易成本，产品质量和产品价格更加稳定，农民收入稳定了。例如，河洛镇三乐公司以前是直接与分散的农户建立联系，奶农在挤奶之后把牛奶送给公司。由于鲜奶的保质有着很强的时间性，各农户送奶的距离和时间又不同，使得牛奶的品质难以统一。大户介入前，牛奶的平均价格为1.20元/公斤。大户介入后，大户先收购分散农户的鲜奶，并购置单个农户不能购置的一些简单保鲜设备。在收购达到一定量后，大户再集中把产品送到三乐公司。这一流程使产品质量得到了保证，鲜奶的平均价格上涨到1.80元/公斤，同时也还节约了运输成本。