重要农产品临时收储制度的主要缺陷是临时收储价格合理定价困难，上涨容易下降难，在临时收储后要及时组织在市场上卖掉，如果有合理亏损要由财政承担，如果临时收储价确定不合理，有可能扭曲市场运行，扰乱不同农产品之间合理的比价和差价关系，还有可能带来巨大的财政风险。但是在政策操作上比较简便，主要由中央垂直管理的国有流通储备企业和部分加工企业等组织完成，效率比较高，对农民基本经营收益的保护比较有力。相比之下，农产品目标价格制度的主要功能是提供政策性补贴，在制度设计合理的情况下，可更好地发挥市场在资源配置中的决定性作用，但政府的补贴工作非常复杂，具有重要的条件，在财政支出上可能不减反增。

　　粮食最低收购价制度和重要农产品临时收储制度在实践中面临的主要问题

　　我国从2004年开始建立粮食最低收购价制度，从2008年开始建立重要农产品临时收储制度。2005—2006年、2009年和2012年，国家启动了籼稻最低收购价执行预案，2007年、2012年启动了粳稻预案，2006年—2009年、2012年、2013年启动了小麦预案。2008年、2012年和2013年，国家启动了玉米临时收储，2008－2013年启动了大豆和油菜籽临时收储，2011－2013年启动了棉花和食糖临时收储。实行这两个制度后，对增加农民收入、促进生产发展、保障市场供应、稳定价格水平发挥了重要作用。但在实践中，由于国内外市场发生变化，这两个制度的下一步实施都面临挑战。

　　在这两个制度中，要保证制度合理运行的隐含假设是，国内价格低于或等于国际市场进口成本价，同时国内价格的确定本身要合理，否则就可能受到国际市场冲击。前几年，由于国际农产品价格发生大幅波动，我国农产品价格显着低于国际市场，国家“调控价格”主要考虑保护国内农民基本经营收益只增不减，对国际农产品价格的大幅波动及其影响估计和考虑不足，在政策操作中并没有能实现“最低”和“临时”。目前我国农产品市场价格普遍高于国际价格，导致农产品进口快速增长，开始形成对价格变化合理性的扭曲和国际市场冲击，如果不及时引入对农民利益进行保护的新机制，下一步的生产发展、市场调控和政府支出将陷入进退两难。

　　引入农产品目标价格制度后农产品市场运行可能面临的新问题

　　我国目前还没有完全建立农产品目标价格制度。建立这个制度，具有很多前置条件，需要政府做艰苦细致的努力并在方法上进行创新。作为一种改革方案，在建立制度的过程中，如果简单放弃粮食最低收购价制度和重要农产品临时收储制度，农产品市场运行有可能出现新问题或者一些曾经解决的问题有可能重新出现。

　　——农产品价格波动可能增大

　　这种波动对生产者、消费者、加工经营者和政府，都是不利的。影响农产品价格的因素多种多样，农产品价格本身就容易发生波动，特别是由于农产品供给价格弹性和需求价格弹性的不一致，农产品价格的变化存在典型的“蛛网现象”，这种波动为期货市场及投机者提供了发展机会，但对于实体市场的参加者却并没有实质上的好处，反而会为此承担更多风险管理成本和交易成本。随着农产品价格波动增大，即使不考虑必要的组织管理工作成本，政府的财政负担也可能不减反增。

　　——农产品流通问题可能凸显

　　这种问题不仅会因为市场流通设施不健全或不完善可能产生，而且会因为市场担心农产品价格大起大落进行观望而加重出现。随着农产品价格波动加大，农产品市场流通主体在经营行为上将更加谨慎，一旦农产品价格出现回落特别是有持续回落时，人们会为了控制风险而观望，在经营上止步不前。对于那些经营能力比较弱的农产品市场流通经营主体，有可能加速破产倒闭，对农产品的高效流通产生影响，受到影响最大的是农民。

　　——国家对特定生产者或消费者的补贴政策执行存在困难

　　在管控不力时可能会引发社会不满。建立带有直接的差价补贴性质的政策，在实际操作中会存在政策宣传困难、操作方式复杂、基层任务繁重和农民理解欠缺等困难和问题。政府可用于补贴的资源是稀缺的，如果政府预算不到位或没有足够资金进行补贴，或由于政府组织、管理和监督工作量增大而行政管控能力不到位，出现补贴不落实、低效率、寻租和腐败等，将引发农民群众和加工流通企业的不满。