目前配方肥补贴工作的重点之一就是，发放补贴以鼓励农民使用。然而各地区的补贴却存在一定的差距。据了解，各地对每袋配方肥的补贴不一，从10元到80元。补贴高的地区，配方肥的推广使用就顺利。

江苏省土肥站周蓉蓉提出，江苏就存在着配方肥供肥企业、经销商积极性不高的问题。主要是配方肥零售价格偏高，受原料价格波动的影响也大，企业在保质保量的情况下，很难控制成本。经销商的利润空间也不大。建议实行配方肥推广补贴试点，使配方肥在优质的基础上还要有价格优势。

北京绿得利工贸有限公司副总经理信忠民介绍，北京市对一袋配方肥的补贴在50～75元之间。市场对此的反响不错，农民购买积极性也高。

甘肃土肥总站站长崔增团则表示，虽然从2007年开始甘肃省财政拿出资金进行配方肥的补贴和大面积的推广，但农户购买一袋肥料在示范区的补贴额度仅在8～10元之间。因此，应适当提高配方肥在示范区的补贴力度，让更多的农户从中受惠。

青海农技推广总站副站长李吉环说，目前配方肥补贴的方式也比较繁琐。青海的补贴方式是把资金直接补到我们的项目单位，然后由项目单位和肥料企业衔接，把肥料拉到配方肥供应示范点。这样的运作方式导致补贴面较小，配方肥基本只能在示范点辐射范围内推广，在示范点以外很难找到。