针对性强、适用区域有限是配方肥的特色，但配方肥很难采取国家标准来监督管理。

宁夏农技推广总站总农艺师马玉兰认为，目前，配方肥的包装按现有国家标准只能标“复混肥”，这对配方肥的进一步推广产生了影响。现在复混肥的标准也限制了配方肥的发展。以宁夏为例，有的地区配方肥只需要两个元素，但是现在二元复合肥按照国家的标准就不能登记。黄土高原地区不缺钾，完全可以用配比合理的氮、磷二元肥来作为配方肥。

浙江土肥站农艺师朱伟峰提出，目前配方肥“身份”问题需要解决。农业使用登记证相对比较麻烦，产品包装上无法直印“配方肥”，浙江省配方肥基本只能以复混肥形式出现。

江苏省土肥站周蓉蓉建议，开辟配方肥登记证申领绿色通道。凡经过市、区土肥部门推荐、省级专家会商认可的配方肥，在申领肥料登记证时设立绿色通道，缩短登记时间，方便企业及早组织生产和供应。