长期以来，对于微生物肥料有无作用、有多大作用一直存在不同的看法。

一种是不了解微生物肥料的作用机理，见效慢认为微生物肥料没有什么作用；有人甚至认为土壤中有大量的土壤微生物，无须再施入。

他们并不了解微生物肥料是将人工选育的优良菌株经发酵扩大，集中施于种子表面或其周围，形成群体优势而发挥作用的。

另一种是把微生物肥料的作用无限扩大，甚至宣称施某种“微生物肥料”一次，即可不再施用化肥或其他肥料。提出这样的看法或在报刊上做如此宣传的企业，

一方面他们至今未从植物营养的角度拿出此种“微生物肥料”可以“取代化肥”的证据，

另一方面，在田间试验上，也没有拿出令人信服的试验报告。因此，把微生物肥料的作用一概否定是不对的，也是不科学的。

相反，把微生物肥料神秘化，无限夸大其作用，也是错误的。既不利于微生物肥料的发展，还会败坏微生物肥料的声誉。