病虫害的侵染食用菌一般有三个渠道：由培养料和覆土带入菇房，尤其用生料栽培；自然传播，在食用菌制种和栽培管理中，由于环境差和消毒不好引起；菌种带菌，使用的母种、原种、栽培种混有杂菌和病虫。食用菌生产中污染培养料及菌丝体的杂菌有毛霉、木霉、青霉、曲霉、脉孢霉等。危害子实体的病害有由毛霉引起的平菇毛霉病；由青霉引起的平菇青霉病；由病毒颗粒引起的病毒病；及由黏菌引起的黏液病等。危害平菇的害虫主要有平菇厉眼蚊、平菇尖须夜蛾、星狄夜蛾、菇螨及跳虫等。对病虫害的防治应采取预防为主，综合防治的措施。
    1．选用新鲜、干燥、无霉变的原辅材料，使用前原料经暴晒2～3天，如能采用先堆制发酵，后高压灭菌的双重处理，能更有效地防止病虫的发生和危害。
    2．保持菇房及四周卫生清洁，菇房使用前必须清除干净残留的培养料、垃圾等污染源，并用10％的石灰水或波尔多液涂刷墙壁、棚顶及床架，也可用2％～3％甲醛液喷雾；再喷0．4％敌敌畏或0．2％乐果液，以杀灭害虫。
    3．接种时加大播种量，一般以增加15％～20％为宜，让食用菌菌丝迅速牛长占满料面，可抑制杂菌的发生。
    4．加强管理，调控好温湿度，特别是在发菌期，空气相对湿度应控制昏一60％左右，温度不超过28℃，尽量创造一个有利于食用菌生长发育而不利病虫害发生和繁殖的生态条件。