2003年中央领导到卫生部调研时提出，希望两岸医学界为了人民的健康福祉，加强交流与合作。海协会、海基会恢复制度性协商后，将卫生问题列入议事日程。随着两岸医药卫生交流不断取得新进展，规模和层次均逐年提升，形式从一般性参访逐步向务实合作转化。目前，两岸通过医疗学术团体、个人等多种途径，相互参访、共同举办学术会议等开展多种形式、广泛深入的交流合作，内容涉及基础医学、临床医学、中医药、卫生管理、医药科技和卫生信息化等。两岸卫生界迫切希望医药卫生领域在“两会”框架下建立直接联系，这不仅有利于保障两岸人民的健康，也促进两岸正常经贸往来，推动经济发展。

　　两岸医疗卫生总体交流情况

　　据统计，近3年来，卫生部组团赴台共125批、3325人次；接待台湾来访团组30批、635人次。两岸联合举办专业领域的技术会议15场，共有约800名两岸专家参会交流。

　　为使台湾同胞及时了解较为关心的大陆医药卫生体制改革的进展情况，2010年，卫生部代表团赴台参访，参加两岸举办的传染病会议，了解台湾地区的医疗卫生保障制度、科学完善的医院管理制度和管理理念，加强与台湾医务界高层人士广泛沟通，增强了解和互信，为两岸尽早签署《海峡两岸医药卫生合作协议》打下基础。

　　交流合作是基础

　　在传染病预防控制方面，两岸开展了密切的合作。在非典型肺炎、禽流感等疫情发生后，我们及时将防治措施、诊断标准、治疗方案等登入有关网站；大陆的社会医学团体还将这些信息分别传给台湾有关机构和专家，还安排接待了数批台湾专家到北京、广东、湖南、安徽等省市，现场考察非典型肺炎、人感染禽流感的防治情况和临床治疗技术的交流。在海峡两岸的共同努力下，中国疾病预防控制中心与台湾方面于2005年11月建立了传染病信息沟通机制，两岸传染病信息得以及时、准确和全面的传送，形成双向信息沟通和交流的局面。从2005年11月至今，中国疾病预防控制中心和台湾方面双向沟通传染病信息累计达百次。特别是2008年7月，经过双方通力合作和共同努力，将进入大陆的台湾2名多重耐药性结核病人由南京护送至厦门，最后由台湾医师通过水路接回到台湾。联系渠道的建立以及两岸卫生领域的积极进展为两岸商谈并签署医药卫生合作协议奠定了良好的基础。2005年建立的重大传染病疫情的通报渠道，常因缺乏文件规范运行不畅。为有效应对重大传染病疫情传播，通过签署协议方式规范两岸重大传染病通报和应急协调机制势在必行。

　　两岸医学专业人员互动是主流

　　海峡两岸多次共同召开专业技术会议，促进两岸医学技术交流。2004年开始，华人健康平台研讨会分别在香港、北京、西安、台北、澳门等地连续举办了7届，每年围绕传染病、食品卫生、应急建设、社区卫生、慢性病、药品监管等不同的议题进行交流。打造了两岸医药卫生交流的品牌。2008年海峡两岸食品安全协议签署以后，按照协议规定，每年举行2次专业技术专家会议，交流信息，共商食品卫生大计。迄今为止，已经举办了5次会议，并在药食两用中药材农药残留标准及检验方法、确定议题组联络员等12个方面达成共识。特别在两岸往来人员重大食品中毒案件调查处理、扩大通报范围等方面确定了通报机制。不仅使会议成果丰硕，更促进了两岸农产品贸易的往来。

　　此外，两岸在传染病和非传染病领域的交流愈加细化。2010年8月和10月，分别在上海和台北举办了“海峡两岸手足口病研讨会”和“海峡两岸耐多药结核病研讨会”。海峡两岸专业技术会议的举办密切了医学同道的关系，在专业技术交流中深化了友谊。为海峡两岸医药卫生协议的签订奠定了基础。

　　从2009年开始，卫生部每年委托北京大学医学部邀请3批台湾阳明大学、台湾大学、台湾中国医药大学、台湾高雄医学大学、台湾中山医学大学、成功大学、慈济大学等10多所大学约400名医学生来大陆参观访问。参观期间，卫生部领导与学生们座谈，介绍大陆医疗卫生体制改革进展，与大陆医学生开展联谊活动，分专题召开交流座谈会。参观医疗机构，北京名胜古迹，游览世博园。邀请大陆国际知名医学专家或教育家与学生对话，探讨未来医学科学发展趋势。通过交流，台湾医学生加深了对大陆医疗卫生和历史文化的了解和认知，也建立起两岸医学生间的友谊。