近来市场出现一种新的灌装机种类——无菌灌装机。该类灌装机为可以处理多种产品、多种容器、多种尺寸的无菌灌装机，可取代传统的无菌式及杀菌隧道。
灌装机其磁性控制的灌装嘴可确保同时灌装的液体及半液体产品（浆状物、果粒）。容器是以颈部传送，适用于不同规格的包装容器如PET、高密度聚乙烯容器等。
该类灌装机适合酸碱度低于4．5的高酸产品，如果汁饮品、运动饮料等；亦适合低酸性及中性产品如高温消毒牛奶，其他牛奶饮品及咖啡等灌装。