如作基肥，必须选用颗粒状复合肥，而且颗粒的硬度越高越好，以利于延长肥效；对含有铵态氮的复合肥料，易被土壤吸附，不易淋失，适应于各种土壤和作物，但最好是实行深施，以利于提高利用率；对于硝态氮复合肥料，不被土壤吸附，易随水淋失，故不宜施用于水田，而适用于旱地作物。对磷多氮少的氮、磷复合肥料，可作底肥深施，用氮肥作追肥，以补充氮素不足。对价格较高的复合肥料如磷酸二氢钾，一般不作底肥，最好用作浸种或根外追肥。选用氮磷钾三元复合肥作种肥时，要考虑氮的含量不要过高，否则容易引起烧种和烧苗。

复合肥具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于平衡施肥、提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，施用前最好进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况。