金叶水杉是杉科水杉属植物中最名贵的品种，其叶子具有“祛风燥湿，活血止痛”的功效，叶片及果实具有清热解毒，消炎止痛的功效。

现代药理学研究表明，其含有的多种黄酮类化合物，具有抗心肌缺血、心律失常和心肌肥厚等作用。同时具有抗大鼠血小板聚集和改善血液流变性的作用。水杉叶片挥发物中，含有大量镇咳、祛痰、平喘及消炎等作用的活性成分，其间主要是a－蒎烯、反式－丁香烯和日桂烯等。

据《中国中药资源志要》记载：水杉叶、种子有清热解毒、消炎止痛之功效,用于痈疮肿痛、藓疮等症;《名医别录》将其列为中品,谓煮汤洗,可治臁疮；《本草纲目拾遗》载：杉木油治一切顽癣。

另外，其种子挥发油对8种植物病原真菌均有一定的抑制作用，在园林植物配置中，可不同程度减少预防同园植物部份病害的发生。其叶片、种子挥发油中含有的多种活性成分及抗菌作用，不管是在医药化工还是农业应用等方面都有着广阔的应用前景。