土壤整理好以后，原则是尽量把百合种球种植在潮湿的土壤里，同时还要注意以下几个问题：
　　1.密度
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　　农业操作中有句俗话叫“合理密植”，百合也是一样。只有合理地安排种植密度才能长出品质整齐优质的百合切花，那么怎样才能做到合理密植呢？根据种植季节和百合规格大小种植密度有所不同，一般来说夏季种植密度应稍大些，冬季密度应小一些；种球规格小的密度应大一些，规格大的密度应小一些；株距如大一些，行距就相对小一些，反过来如株距小一些，行距就应该大一些。具体一点就是：球径12/14厘米规格的种球，一般株距是10厘米至12厘米，行距应该在25厘米左右；球径14/16厘米规格的种球，一般株距是13厘米至14厘米，行距25厘米至27厘米；球径16/18厘米规格的种球，一般株距在15厘米左右，行距应27厘米至30厘米；球径18厘米以上的种球株距应在15厘米以上，行距至少在30厘米左右。另外，应该注意的是‘西伯利亚’百合在种植时密度应该适当小一点，而‘索蚌’的密度应该适当大一点。
　　2.深度
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　　种植深度很重要，深度合适与否将直接影响百合切花的品质。一般来说，种植百合的最初深度（开始下种的深度）为百合种球“球上一球土”比较理想。“球上一球土”的概念是不管多大规格的种球，种植时覆盖的土壤厚度为这个规格种球的高度。待百合出苗到20厘米至25厘米时，用工具备上一定厚度的土，直到足够茎生根生长为止。这也就是所谓的“浅植后覆”的程序，它的好处是可以有效地防止丝核菌等病菌的感染和发生。
　　3.选球
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　　百合种植前最好要生芽，芽长五六厘米长时最为合适，这样可以减少病害感染，有利于百合出苗整齐。此外，要及时将有病的黑心种球分离出去，分开种植并做好药剂处理。芽过长（长度在10厘米左右）的种球一定要深植，以利于茎生根生成。
　　此外，百合种植前期最忌高温，尤其是前3周应尽量维持在15℃左右。