国内由省级司法厅局颁发的环境污染损害评估司法鉴定资质在形式上主要包括微量物证(室内环境检测、有毒有害物质鉴定、海洋环境污染鉴定等)和生态环境损害(第四类)两大类。在司法实践中，微量物证的诉讼案例较多，在环境污染至健康危害、财产损失的鉴定中发挥了一定的作用。但微量物证类型的资质管理，在解决环境污染致健康和财产损害认定的诉讼实践中，存在仅有毒有害物质认定和环境暴露浓度发挥效力，对于由污染导致的传统损害因果关系判定、损害量化、损失计算方面效力不足。具备相应资质的机构在处理除污染物质检测工作外的后续工作中，存在软硬件能力不足、实际经验匮乏、技术规范缺失等问题。
　　生态环境损害作为第四类司法鉴定类别的资质颁发在个别省份已有实践摸索，如福建、重庆、云南等地的司法厅，颁发给当地环境污染损害鉴定评估机构相关资质，这些资质主要针对环境损害鉴定评估、污染修复与生态恢复方面。但目前资质管理中，存在鉴定评估对象不明确、鉴定评估范围不清晰、鉴定评估分类体系不健全、资质管理法规和技术依据不足等问题。这导致当前资质发放的格式内容不统一，法院实际采信和判决案例匮乏，资源环境价值难以得到充分体现。
　　总的来看，当前环境损害司法鉴定机构质量参差不齐，司法鉴定意见公信力受到质疑，重复鉴定、多头鉴定仍然存在，导致法院审判中证据采信面临困难，对民事审判执行工作带来了一些负面影响。环境损害司法鉴定如何在司法实践中避免这些问题，需要从机构质量、布局、数量上综合考虑。
　　环境损害评估与赔偿缺乏资金保障
　　我国尚未建立有效的环境损害评估与赔偿资金机制。从目前实践中环境损害评估费用来源看，突发环境污染事件的损害评估费用主要来自地方政府，评估的目的主要服务于事件定级，用于损害赔偿的案例较少，且实际损害的赔付主要是地方政府给予受害人财产上的补贴。
　　污染致渔业财产损害实际案例中针对养殖渔业赔付相对较好，针对野生渔业损失的鉴定评估技术还不够完善，损失计算难度大导致赔付效果较差，赔付资金主要来自污染责任方和地方政府。
　　多数农田污染案中，农民仅能获得当期农作物经济损失赔偿，多数案例因果关系鉴定困难，鉴定评估费用过高，受害农民难以获得足额救济，针对农业生态环境损害难以量化获赔。农田污染案资金来源以责任方出资的情况较多，也有个别环境责任险赔付的案例。
　　在室内环境污染案和噪声、振动、辐射污染致健康和财产损害案例中，多数受害者可以获得部分补贴或赔偿。污染场地致环境损害(土壤和地下水资源)的多数案例涉及历史遗留问题，责任主体灭失或不清，主要是政府或土地开发商在出资进行修复活动。
　　海洋环境污染致财产和生态破坏的部分案例中，受害者可以获得部分赔偿，但生态环境污染赔偿主要针对外籍油轮或公司索赔，国内已有船舶油污损害赔偿基金，但针对渔民私益损害和海洋生态环境公益损害的评估技术及能力依然欠缺。
　　生物资源损害(珍稀物种、野生动植物等)案例中，仅有少数大型案例涉及生物资源保育和恢复措施。生态服务损害(草地、森林、湿地、海岸带等)案例中，也仅有少数大型案例中有部分生态功能保育和恢复措施。
　　急需完善环境损害评估制度
　　发达国家在健全环境损害评估制度的过程中先后经历了从最初无人问津和阻力重重，到民怨四起和立法风暴，到艰难探索和逐步完善，再到社会认同和回归理性的演变过程。其实现了从被动应对和有限赔偿，到有效遏制和足额赔偿，再到预防为主和恢复导向的阶段性转变。发达国家的实践经验表明，环境损害评估制度必须依据各国面临的环境形势和主要环境问题，逐步构建符合国情的环境损害评估法律、技术和资金保障体系。
　　基于我国当前环境损害赔偿和恢复的实际需求，尝试分析制度构建的关键要素，确定制度的层级设计、战略步骤和近期重点关注领域等问题，对于探索我国环境损害评估制度建设途径、建设生态文明具有重要意义。