文冠果具有较强的抗逆性，包括抗病性，丰产栽培措施应用得当，其自身免疫力就强，否则就容易染病。在生产实践中，文冠果的有害生物主要有茎腐病、煤污病、木虱、黑绒金龟子、天牛、绿鳞象甲等，兔害和鼠害也有发生。
　　主要病害及其防治
　　茎腐病
　　苗木发病时，茎基部出现水渍状褐色病斑，病斑向下扩展约10厘米，当病斑绕茎一周，苗木地上部分即枯死（枯叶、果实不落），主要发生在生长旺盛期的6月至8月份。开挖病株，见茎基部略肿胀，皮层组织腐烂，表面有灰白色的小突起，为病菌的繁殖结构。
　　传播方式：土传病害，病菌以菌丝体和分生孢子座在病部越冬。病原通过土壤传播，也可随带病的种苗传播，孢子借雨水或灌溉水传播。
　　侵入途径：夏季苗圃沙地表层高温、苗干受风吹袭与地表摩擦等，使苗木茎基部受伤，在土壤中的病菌通过伤口入侵。
　　防治方法：土壤消毒，避免苗木受伤、严防苗子带菌。对死株挖除烧埋，原穴消毒用碳铵严封。
　　煤污病
　　煤污病的发生常与木虱、蚜虫等害虫的发生相联系，木虱、蚜虫等害虫刺吸文冠果树的汁液，排泄出含有大量糖分的密露，这些排泄物滴落在植物表面，就成了煤污病菌的营养物，使得病菌的菌丝体覆盖到植物的表面，形成一层煤烟状物。这些煤烟状物影响和阻碍了文冠果正常的光合作用，影响其生长，并造成树势衰弱。
　　发生规律：病菌以菌丝越冬，借风雨和昆虫传播。在文冠果生长季节可以不断蔓延扩展。据调查，每年6月至8月份为煤污病发病盛期，常随着文冠果木虱的发生而发生，木虱不仅为病菌提供了营养物质来源和越冬场地，也是病菌传播的媒介。在密度大，通风透光不良的林地容易发生。
　　防治方法：防治木虱、蚜虫，加强通透性。
　　主要虫害及其防治
　　文冠果隆脉木虱
　　口器为刺吸式，不完全变态，主要寄主为文冠果。若虫和成虫吸食文冠果的花芽、叶和嫩梢汁液。危害严重时，枝条顶端抽放丛状夏梢或秋梢，嫩叶卷起而肥大，嫩梢木质化程度差。若虫粪便银灰色，呈粉末状，含有糖分，为煤污病菌提供养分，诱发煤污病。坐果较多的幼树因木虱危害，常造成枝干干枯，地上部分死亡或抽条。该虫分布于黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、山西、陕西、宁夏、新疆、青海、甘肃、山东等地。
　　发生规律及习性：一年4代至5代，在内蒙古赤峰1年发生3代，成虫潜伏在杨、柳、糖槭、文冠果等多种树木树皮裂缝中及枯枝落叶中群集越冬。
　　每年4月中旬至5月上旬，文冠果萌芽时，成虫从越冬场所出来，经过2天至3天的补充营养，开始交尾产卵。卵散产在萌动芽苞的鳞片上、芽鳞缝内以及未展开的嫩叶背面的叶脉两侧，少数在新梢上取食。大约经过一个月，第一代成虫羽化；7月初至中旬第二代成虫羽化；8月初第三代成虫羽化，经数日补充营养，部分成虫迁移到树冠下层粗大侧枝和主干阴面树缝内越夏。9月中旬解除夏眠，继续短期补充营养后进入越冬。世代重叠现象明显，同一时期可见到各个世代和各种不同的虫态。
　　成虫性活泼，常数个或数十个密集在一个叶片上或绿色嫩梢上停息或进行交尾、取食，围绕树冠做近距离跳跃或飞翔。喜阴蔽窝风场地，有向密林迁移聚集特性。树冠垂直分布以中下层多。
　　防治方法：清园、清翘皮、涂白（加80%敌敌畏乳油500倍）、消灭越冬成虫。药剂防治，即5月中下旬开始，用1.2%烟参碱乳油与柴油1:20比例混合，喷烟机地面喷烟防治幼虫，用量为每公顷6升；2%烟参碱粉剂与滑石粉1:25比例混合地面喷粉，用量为每公顷22.5千克。用80%敌敌畏乳油1000倍液、1.2%苦烟碱乳油1:1000倍液、1.8%阿维菌素乳油3000倍液等药剂喷雾。每隔7天喷药一次，连续喷2次至3次。
　　黑绒鳃金龟
　　口器为咀嚼式，完全变态，喜食文冠果嫩芽。食性杂，在文冠果上喜欢啃食嫩芽、花蕾，造成芽子不能抽枝展叶，花梗断落减产，严重影响幼树骨架枝发育，预留芽段发枝下延现象。广泛分布于我国各地。
　　发生规律及习性：在陕西靖边一年发生一代，以成虫在20厘米至40厘米深的土中越冬。4月中下旬至5月初，上旬平均气温5℃左右，越冬成虫开始出土。先取食发芽较早的杂草或树木，进而文冠果树上也取食，食量大，虫口密度呈穗状。5月下旬到6月上旬产卵，6月中旬出现初孵幼虫。成虫有假死性，略有趋光性，多在傍晚或晚间出土活动取食，白天在土缝中潜伏。雌虫产卵于被害植株根际附近5厘米至15厘米土中。