由于各地果树品种繁多，有的栽培历史悠久，病害频烦发生，病菌残留量大。栽培果树时经常使用杀菌剂来防治果树的病害，达到增产增收的目的。在果树病害的防治上，杀菌剂的使用主要有下面三种方法：
　　1.植株表面施药法
　　把药剂施用在植株表面称为植株表面施药。常用五种办法：喷雾、喷粉、涂干涂白、灌根、涂沫伤口等。
　　2.药剂处理种苗法
　　用药剂处理种子、苗木、接穗、插条及其它繁殖材料等，以消灭这些材料表面附着或内部的病菌，保证播种材料不带入危险性病害。比如波尔多液、硫酸铜液、福尔马林、抗菌素
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　　、克菌丹等。使用方法为浸种（砧木或接穗）、闷种、拌种。
　　3.土壤药剂处理法
　　施用杀菌剂或杀线虫剂，消灭土壤中的植物病菌或致病线虫，是化学保护的重要措施之一。此法多用于防治果树根部病害或由土壤传播的维管束病害、线虫病等。
　　土壤处理一般只适宜于温床中或苗床中，小块土地上也可使用。较好的土壤杀菌剂和杀线虫剂有：福尔马林、硫酸铜（防治幼苗立枯病、猝倒病）；五氯硝基苯（立枯病、菌核病）；溴甲烷、氯溴丙烯（线虫病、菌核病）；滴滴混合剂（线虫病）；代森锌、克菌丹等条施播种沟内可防治多种幼苗的真菌性根病，在播种沟内代森铵水溶液浇灌是防治幼苗立枯病常用的方法。