种蛋收集后需要进行筛选，经消毒后才能进行孵化，有时还要进行运输和短期的贮存。种蛋的质量受种禽质量、种蛋保存条件等因素的影响，而种蛋质量的好坏直接决定种蛋的受精率、孵化率以及雏鸡的质量。
一
种禽质量
为了提供高质量的种蛋，首先要求种禽生产性能高，无经蛋传潘疾病，饲料营养全面，管理良好，受精率高和无传染性疾病，尤其是要杜绝或严格控制经蛋传播的疾病。对于种鸡，蛋传疾病主要有白痢、白血病和支原体病等。
二
种蛋的选择
1
清洁度
蛋壳粘有粪便或被破蛋液污染的污染蛋不仅自身的孵化效果较差，而且还会污染其他正常的种蛋和整个孵化器，增加死胚和腐败蛋，导致孵化率降低和雏鸡质量下降。
2
蛋的大小
大蛋和小蛋的孵化效果均不如正常的种蛋。对同一品系同一日龄的鸡群，所产蛋的大小越一致，种蛋合格率越高，说明鸡群的选育程度越高，饲养管理也越好。大蛋的孵化时间较长，而小蛋的孵化时间又较短，两者都不宜做种蛋。鸡群刚开产时小蛋多，此时的大蛋中双黄蛋多，产蛋率处于上升阶段，受精率较低，孵出的雏鸡也很弱小，成活率低。
3
蛋形
接近椭圆形的种蛋孵化效果最好，蛋形指数要求在0.72-0.75(蛋形数指的是鸡蛋短轴与长轴的比值)。选种蛋时剔除细长、短圆、枣核状、腰鼓状等不合格蛋。蛋壳有裂纹、砂皮的都属于遗传缺陷，不能作种蛋。
4
蛋壳颜色
不同品种的蛋壳颜色不同，但是种蛋必须符合本品种特征。对于褐壳蛋鸡或其他蛋壳颜色一致性选择程度较低的品种，留种蛋时不一定苛求蛋壳颜色完全一致。而对于由疾病或饲料营养等因素造成的蛋壳颜色突然变化要特别注意，如确系该原因造成的应暂停留种蛋。
5
蛋壳厚度
良好的蛋壳(鸡蛋壳厚度0.35mm左右)不仅破损率低，而且能有效地减少细菌的穿透，孵化效果好，见表1。蛋壳过厚孵化时蛋内水分蒸发慢，出雏困难；蛋壳太薄不仅易破，而且蛋内水分蒸发过快，细菌易穿透，不利胚胎发育。蛋壳厚度在0.4mm以上的钢皮蛋，0.27mm以下的薄壳蛋、砂皮蛋，厚度不均的皱纹蛋都应剔除。
6
内部质量
裂纹蛋、气室破裂、气室不正、气室过大的陈蛋以及大血斑蛋孵化率较低，在选蛋时也应剔除。有些性状不能直接通过外观看到，但是又不能全部进行检查，只能进行抽测。通过测比重和哈氏单位可以了解种蛋的新鲜程度。存放时间长的种蛋比重较低，哈氏单位因蛋白黏度的下降而降低。通过照蛋检查裂纹蛋(经过冷库贮存一天从外观上就可以看出了)，或者通过鸡蛋的轻微碰击也能听出来。
7
种蛋选择的次数和场所
一般情况下种蛋在禽舍内经过初选，剔除破蛋、脏蛋和明显畸形的蛋，然后在入库保存前或进孵化室之前再进行第二次选择，剔除不适合孵化的蛋。
三
种蛋的消毒
禽蛋从产出到人孵前，会受到泄殖腔排泄物不同程度的污染，在禽舍内受空气、设备等环境污染。禽蛋表面附着许多细菌，并且会不断侵入禽蛋内部，随着时间的推移，细菌数量迅速增加。细菌进入种蛋后会迅速繁殖，有时在孵化器内爆裂，污染整个孵化器，对孵化率和幼雏健康造成很大影响。因此，种蛋应进行认真消毒。
1
种蛋消毒时间
为了减少细菌穿透蛋壳，种蛋产下后应立即进行第一次消毒。大型种禽场应尽量做到每天多收集几次种蛋，收集后马上进行消毒处理。种蛋人孵后，可在入孵器内进行第二次熏蒸消毒。种蛋移盘后在出雏器内进行第三次熏蒸消毒。
2
种蛋消毒方法
在生产中经常使用的是一些操作简单而且在种蛋产下后可迅速采取的方法。
(1)
甲醛熏蒸
用福尔马林(含40％甲醛溶液)和高锰酸钾按一定比例混合后产生的气体，可迅速有效地杀死病原体。第一次种蛋消毒通常使用的浓度为每立方米空间42mL福尔马林加21g高锰酸钾，熏蒸20分钟，可杀死95％～98.5％的病原体。第二次在入孵器内消毒，其浓度为每立方米28mL福尔马林加14g高锰酸钾。出雏器内熏蒸消毒时浓度再减半，用14mL福尔马林加7g高锰酸钾。甲醛消毒要注意安全，防止药液溅到人身上和眼睛里，消毒人员应防毒面具，防止甲醛气体吸人体内。
(2)
二氧化氯喷雾
种蛋收集后放在蛋盘中用二氧化氯喷雾效果很好，但种蛋必须晾干后才能保存。