1、重点保护原则。在做好列入国家级畜禽品种资源保护名录的五个畜禽品种（大河猪、滇南小耳猪、独龙牛、茶花鸡、中国斗鸡）的前提下，根据云南畜禽品种资源的现行状况，重点保护好以下的畜禽品种保护：云岭黑山羊、文山高峰黄牛、宁蒗黑头山羊、龙陵黄山羊、石林圭山山羊、迪庆牦牛、德宏水牛、撒坝猪、保山猪、版纳微型猪、腾冲雪鸡、武定乌骨鸡、云龙矮脚鸡、晋宁滇麻鸭和文山番鸭等进行重点保护。

　　2、保护区和重点保护场点相结合的原则。保种场点所能保存的个体数量必定是非常有限的，要将一个品种较为有效地保存下去，仅靠保种场点是远远不够的，因此，需要从政策上和行政上划定保护区，使保护区与保种场点在技术上进行有机的结合，有计划地进行优秀种用个体的交换和交流。

　　3、保护区与重点保种户相结合的原则。在划定的保护区内，有针对性地选择部分科技意识强、具有丰富的饲养管理经验的农户作为保种重点户进行适当的扶持以扩大有效保护群体。

　　4、保护与开发利用相结合的原则。保护是前提，可持续利用是保护的目的，通过有计划的开发利用，以用促保，以保供用。

　　5、多部门联合保种的保护原则。充分发挥和利用教学和科研部门所拥有的科技优势和设备优势，进行多部门、多学科、多种形式（活体和体外）的联合保种工作。

　　（三）保护目标

　　2002—2005年：主要根据畜禽品种资源的形态学和地域分布进行保种，即通过划定保护区、建设和完善保种场点、组建保种核心群。研究各畜禽品种核心群的技术路线，确保资金、人员和技术到位，使保种工作切实可行，行之有效。

　　2006—2015年：在“十五”工作的基础上，通过总结经验，深入开展所保护品种的种质特性和遗传多样性研究，并根据研究成果进行合并归类，同时开展资源保护的生物技术研究，即建立主要畜禽品种资源的原产地、异地、活体、冷冻、细胞、胚胎保存等不同方式的保护体系。建立畜禽品种资源的开发利用创新体系，促进畜禽品种资源的社会化利用。

　　五、云南省地方畜禽品种资源重点保护区域

　　根据云南省特定的地理和生态环境及畜禽品种资源分布特点，划定不同的畜禽品种资源保护区域，将适应不同地区的畜禽品种资源集中在保种区内进行保种。保种区内严格控制引入外来畜禽品种，并不断补充新发现畜禽品种，实施保护区和重点保护场点相结合、保护区与重点保种户相结合的原则，拟建立五个重点保种区域：

　　（一）滇西北山地温带保护区：本保种区内属横断山脉中上段，为典型的高山峡谷地貌，气候差异大，其中，迪庆州的中甸、德钦、怒江州的贡山等县可作为重要的保种点，以保存适应高寒地区的特异畜禽资源，如尼西鸡，迪庆藏猪，宁蒗黑山羊、独龙牛、迪庆牦牛等。

　　（二）滇东北高原暖温带保护区：此区东部为丘陵状高原，西部为中山峡谷。气候垂直地带性变化明显，属中温带和暖温带类型，可重点对此区内的昭通黄牛、盐津乌骨鸡、乌金猪、大河猪、昭通绵羊等进行保护。

　　（三）滇中亚热带保护区：本保种区多为中亚热带和北亚热带气候类型，属滇中高原和横断山脉中南段所在地，重点对撒坝猪、保山猪、云龙矮脚鸡、大理马、武定鸡、云岭黑山羊、圭山山羊、龙陵黄山羊等进行保护。

　　（四）滇南南亚热带保种区：本区为溶岩丘陵地区，文山等地广泛分布着广泛的岩溶盆地，属南亚热带和北热带区域，冬暖夏热，此区可作为文山矮马、文山高峰牛、文山大种鸡、广南麻鸭、文山番鸭及文山鹅等的重点保护区。

　　（五）滇南北热带保种区：本区中海拔1000米以下的地区属北亚热带，气候潮湿炎热，无明显的四季之分，该区是云南省品种资源主要分布区，有的物种还十分珍贵，该区可对滇南小耳猪、版纳微型猪、茶花鸡、腾冲雪鸡、版纳斗鸡、德宏水牛、云南野牛、云南瘤牛及腾冲绵羊等进行保护。

　　六、云南畜禽品种资源保护的重点项目和建设内容

　　在以上所述的五个保护区内，具体建设和完善以下的重点保护场点：

　　1、建立和完善独龙牛种质资源保种场，饲养繁殖母牛150头及相应的公牛，保存6–7个家系，同时在保护区内扶持独龙牛重点保种户30户，每户饲养独龙牛10–15头。