养殖场对水体的污染主要为有机物污染、微生物污染、有毒有害物污染。有机物污染主要是养殖场粪污中含有的碳氢化合物、含氮、含磷有机物和未被消化的营养物质排放进入自然水体后，可使水体固体悬浮物（ＳＳ）、化学耗氧量（ＣＯＤｃｒ）、生化需氧量（ＢＯＤ５）升高。当超量的有机物进入水体后，超过其通过稀释、沉淀、吸附、分解、降解等作用的自净能力时，水质便会恶化。有机物被水中的微生物降解，为水生生物提供了丰富的营养，水生生物（主要是藻类）大量孳生，产生一些毒素并消耗水中大量的溶氧（ＤＯ），最后溶氧耗尽，水中生物大量死亡。此时因缺氧，水中的有机物（包括水生生物尸体）降解转为厌氧腐解，使水变黑变臭，水体“富营养化”，这种水体很难再净化和恢复生机。

微生物污染主要是养殖场粪污中含有大量的病原微生物，它们随粪进入水体后，以水为媒介进行传播和扩散，造成某些疫病的传播和扩散，危害人和动物的健康并带来经济损失。据报，南方某市三个村的猪场附近河水分析表明，每升水中细菌总数高达１１．５～７０万。

有毒有害物污染主要是指饲料中的抗生素、违禁药物、矿物质及猪场用的消毒剂等随粪污排入水体后对其造成的污染。