一)搞好鸡舍卫生，切断球虫传播途径

球虫病的暴发和流行与外界环境密切相关，而温度和湿度是环境因素中的首要因素。自然状态下，球虫病在我国北方一般流行于4～9月的温暖、潮湿季节，7、8月份最严重。但是，由于目前养鸡场大都实行集约化生产，人为控制环境的程度越来越高，球虫病季节性流行的规律已不明显，在温暖潮湿的育雏器中，一年四季都有发病的可能。鸡舍内阴凉潮湿、卫生条件不良、饲养管理不善等因素则是造成球虫病的流行的主要诱发因素。如温暖、潮湿的环境有利于卵囊的发育，而圈舍通风、干燥和适当的饲养密度，及时清除粪便，定期消毒等，可有效防止该病的发生。
　　1.搞好鸡舍卫生，保持地面干净，禽舍(笼)清洁干燥，鸡粪要及时清除，并发酵处理。坚持经常性和定期性消毒工作。
　　2.对病雏严格淘汰。从种源可靠的禽场进雏鸡或种蛋。康复鸡要和健康鸡群隔离饲养
　　3.饲料要保证全价营养、饲料保持新鲜、卫生。适当添加多种维生素，特别是维生素A，增加鸡体抵抗力。

(二)合理使用药物预防

在球虫病高发日龄，使用敏感抗球虫药物是预防该病的重要手段之一。当前使用的抗球虫药，多是抑杀球虫发育史的早期阶段，而出现血便症状时，球虫发育基本完成了无性生殖而开始进入有性生殖阶段，此时用药，只能保护未出现明显症状或未感染的鸡，而对出现严重症状的病鸡，很难收到效果。因此到了易感日龄(2周以后)或流行季节，应在饲料或饮水中投药进行预防。
　　抗球虫药的种类很多，如聚醚类离子载体抗生素有：莫能菌素、盐霉素、马杜拉霉素等;化学合成抗球虫药如磺胺类、植物碱类等。
　　有球虫病史和球虫病常发的地区可根据本地实际情况选择用药。用药时注意用药剂量及治疗疗程，科学合理预防与治疗用药。

(三)正确使用疫苗防治

为了彻底解决药物防治所带来的日益严重的耐药性及药物残留问题，人们逐渐找到了用疫苗预防鸡球虫病的办法。目前，用于鸡场计划免疫的球虫活苗有早熟、中熟、晚熟及早、中、晚熟系联合球虫苗四类。由中国农业大学推出的Einerivac球虫苗，系早、中、晚熟系联合球虫苗，安全、高效、价廉。
　　球虫活苗的免疫方法目前有滴口法、喷料法、饮水法及喷雾法等，以滴口法为最佳，可确保100%免疫，但对于大鸡场则有些不便且应激大;喷雾法较适用于设备先进的孵化室，饮水法和喷料法是大鸡场较为适用的免疫方法。实践证明，采用球虫疫苗对鸡进行预防免疫将是非常有前景的一种方法，将为养鸡业的发展带来显著的经济效益和生态效益。

(四)中草药驱虫保健剂

使用药物和疫苗由此产生的耐药性和药物残留问题始终未能得到根本解决。中草药驱虫保健剂、球虫免疫疫苗及从营养学角度控制鸡球虫病,为鸡球虫病的防治带来了新的曙光。
　　中草药驱虫保健剂，中草药作为驱虫保健剂,一般而言,其毒副作用和残留很小。可调动鸡体抗球虫能力,增强抗病力,促进生长发育,且不会产生抗药性,因而是一种很有发展前景的驱虫保健剂。

(五)日粮处理控制鸡球虫病

通过调整日粮营养成分和利用生物酶来控制球虫病是防治球虫病的一种新方法，有着广阔的发展前景。