鸡法氏囊病潜伏期很短，感染后2-3天出现症状，病初患鸡之间互相啄肛，或啄自己的泄殖腔和尾尖，直至啄出血。之后出现精神沉郁、两翅下垂、缩头闭眼，颈部羽毛竖直，怕冷向火源靠近，食欲减退或废绝，拉白色蛋清样稀粪，最后虚脱死亡。

出现症状后2-3天为死亡高峰，群体病程一般不超7天，新疫区死亡率最高，随后病鸡排白色或黄白色水样便，肛门周围羽毛被粪便污染。急性者出现症状后1-2天内死亡，死前拒食、羞明、震颤。

患有法氏囊病的鸡耐过后出现贫血、消瘦、生长缓慢、饲料利用率低。当本病与曲霉菌病等合并感染时，病鸡不仅病情加重，死亡率高，而且病程加长。发病突然，病鸡沉郁，缩头乍毛，呆立不动。乳白色水泻、脱水。

非典型病变一般腿肌和胸肌不出血，法氏囊萎缩呈黄豆大小，比较坚硬，很少有出血，囊外包裹一层黄色胶冻样分泌物，切开后内有脓液或干酪样分泌物。肝脏呈土黄色或白色深浅不一的条形出血带，呈现“条形肝”。肾脏稍肿胀，颜色稍白，有像缠细毛线团一样的花斑。腺胃乳头出血，或腺胃与肌胃交界处有个别片状或条形出血带。