鸭瘟和鸭霍乱是鸭的两种危害性极大的传染病。发病率和致死率都很高。这两种传染病常并发流行，加之某些症状又很相似，因此诊断时要注意区分。鸭瘟（新城疫）和鸭霍乱的区别在于：
　　从流行病学的特点比较　鸭瘟仅引起鸭鹅自然发病，流行期比较长，当鸭瘟传入一个易感鸭群时，一般在3天~7天后开始出现零星病鸭，再过3天~5天后才开始大批发病，整个流行过程可达半个月至一个月，死亡率平均在90%以上。而鸭霍乱各种家禽包括鸭、鸡、鹅、火鸡和鸽均可感染。病程短促，病程一般在数小时至2天内死亡。雏鸭常呈流行性发病，死亡率可达80%以上。成鸭多为散发性流行，其流行呈间歇性。
　　从临床症状的特点比较　鸭瘟特征性症状是流泪，眼睑肿胀，两脚发软不能站立，下痢，头颈部肿大，俗称“大头瘟”。而鸭霍乱最急性病例无任何症状而突然死亡。急性病例呈现精神委顿，食欲停止，呼吸困难，口腔和鼻孔有时流出带泡沫黏液，有时流出血水，频频摇头，很快死亡，俗称“摇头瘟”。
　　从解剖的特点比较　鸭瘟病例食道和泄殖腔黏膜有黄褐色假膜覆盖，腺胃黏膜出血或坏死；而鸭霍乱在胸膜腔的浆膜，尤其是心冠沟和心外膜有大量出血点，脾脏常呈樱桃红色。最具特征的是整个肝脏表面散布着灰白色针头大较规则的坏死点，肺脏常呈现弥漫性充血、出血和水肿。
　　从药物治疗效果比较　抗菌素和磺胺类对鸭瘟无效，而对鸭霍乱有很好的疗效。
　　从实验室诊断比较　鸭瘟病料接种鸡胚，一般不能生长繁殖。鸭胚在接种4天~6天后能引起特征性病变和死亡，并能分离出鸭瘟病毒。而鸭霍乱取心血或肝脏涂片镜检，可以看到革兰氏阴性两极着色的小杆菌。分离的病原菌作培养检查，符合巴氏杆菌的特性，取病料或分离的菌液接种小白鼠或家兔可引起死亡，并可重新分离到巴氏杆菌。