实施药物与免疫接种联合应用 单独使用作用于球虫生活史早期的离子载体类抗球虫药，会严重抑制鸡对球虫的免疫力。因为离子载体类抗球虫药作用于球虫早期的子孢子和第一代裂殖子并具有杀灭作用，鸡体内很少存在能诱发产生抗球虫免疫力的第二代裂殖体或裂殖子，因此不能刺激鸡体产生保护性免疫抗体。目前可利用的一些疫苗如Coccivoc和Paracox含有多年前分离出来的且原本对药物敏感的艾美尔属球虫株，如果使用这一种疫苗，药物敏感性疫苗就会替代鸡舍中已存在的抗药性药物，这样再采用药物治疗，药物的效力就会提高。
使用药物仍然是目前防治鸡球虫病的主要手段。但如何从药物防治、疫苗免疫、日粮调控、环境控制等方面寻找综合防治措施，提高防治效果是今后工作的重点。