预防免疫抑制性疾病的发生：传染性法氏囊病、马立克氏病等可以通过合适的免疫程序预防。传染性法氏囊病的疫苗毒株的毒力不能太强，特别是首免。因为虽然毒力稍强的法氏囊疫苗有非常好的保护力，但这类疫苗可造成免疫抑制，对其它疾病的保护率就会降低。由于饲料中霉菌毒素污染造成的免疫抑制的问题，可以通过在饲料中添加霉菌毒素吸附剂来减轻，或者通过原料的采购、储藏等降低霉菌毒素的含量。免疫预防：病毒病主要依靠免疫，如新城疫、禽流感、传染性支气管炎、喉气管炎主要依靠免疫预防，并结合生物安全的实施，减少疾病的传播机会。败血支原体感染也可以通过免疫预防，而且免疫保护率还可以，但免疫过程中存在很多造成免疫失败的因素，况且败血支原体疫苗只能控制败血支原体感染，对滑液囊支原体无效。在使用支原体弱毒苗的前后很长时间不能够使用任何抗生素类药物，从而造成其它细菌性疾病的发病率升高。大肠杆菌疫苗的保护率太低，很少有人使用。
药物预防：控制支原体和大肠杆菌的药物很多，但即使药物再好，也只有合理使用才能取得理想的效果。
定期投药，控制支原体包括败血支原体和滑液囊支原体、大肠杆菌等细菌性病原体。因为大部分疾病是混合感染造成的，特别是当支原体的启动疾病的作用完成后，造成损失的不一定是支原体了，但如果治疗用药单纯控制支原体，效果就不会很理想。所以，预防性用药比治疗性用药的效果好，所需的成本也低，因此，疾病造成的损失要小得多。
控制支原体感染的药物很多，但中国农业大学进行的药物最低抑菌浓度试验发现，最敏感的药物当属支原净（有效成分为泰妙菌素）。种鸡和蛋鸡产蛋前添加80%支原净250克/吨饲料（或饮水中添加100%支原净125克/吨），每月连续使用3天，开产后连续添加80%支原净 50克/吨料，直到产蛋高峰结束，可大大降低支原体的危害，提高产蛋率、孵化率和健雏率。肉仔鸡在1-14日龄和21-34日龄在饲料中各连续添加80% 支原净60克/吨，15%金霉素1千克可明显提高成活率、日增重、改善料肉比等，使呼吸道的发病率大大降低。
控制支原体病也可使用北里霉素，因为北里霉素对支原体也很敏感，而且对葡萄球菌的敏感性也很高，还可以作为促生长添加剂。
注意：支原净有增加离子载体类抗球虫药毒性的危险，若饲料中添加盐霉素、甲基盐霉素、莫能霉素时应注意支原净的添加量。支原净与盐霉素或莫能霉素的总添加量不应超过120克/吨料，而且要搅拌均匀。
药物治疗：发病鸡必须用针对支原体和大肠杆菌的药物，如支原净、环丙沙星等药物通过饲料或饮水添加，连用3-5天，然后剂量减半使用7天。如支原净的治疗浓度混饲为400 ppm，混饮浓度为250 ppm。