尽管如此，兽用生物制品从研制到经营都或多或少得存在着一定的违规行为。一些科研与生产单位或是法律意识淡漠、或是因为利益的驱动故意回避或违反法令法规的规定与要求进行动物疫苗的开发、生产与经营。从而使动物疫苗的研究、生产与经营等方面出现相对较为混乱的局面，使得部分研究、生产单位开发与生产的动物疫苗无法保证其内在品质，生物安全就更无从谈起了。全国已有兽用生物制品生产企业（车间）46家，品种200多个，年总产量400多亿羽（头）份。还有不计其数的大学、研究院（所）生产兽用生物制品（如灭活苗、卵黄抗体、血清等）其产品中有相当一部分是低水平重复生产。有的科研单位或生产厂家制备的中试产品（甚至正式产品），缺乏严格的区域、田间试验；对致病微生物的操作未按照生物安全级别的要求进行，造成病原散播，甚至疫病暴发流行。基因工程疫苗研制与生产未按有关规定进行严格的安全操作、评估与环境释放，对动物或人类造成生物安全风险或潜在的危险。

2、研究与生产环境的落后

随着科研体制改革的不断深入，原来计划经济条件下那种靠吃“皇粮”生活的科研院所的事业经费正在不断减少，以致于最终将“断奶”。于是，许多单位纷纷把目光转向生物制品的开发。在高利润的驱使下，生物制品的开发非常“红火”，各种产品充斥市场，良莠不均，质量不够稳定，免疫失败事故频发。而这些单位的生产场所，绝大部分是“作坊式”的，从工艺布局到净化级别、以及生产设备、设施都不符合生物制品的研制与生产要求。因此，生物制品对生产环境的高要求在这里被降低了。如此很难保证从菌毒种到最终产品的纯净、稳定与安全，也无法保证病原微生物的生物逃逸现象的发生。因此，不良产品对动物和人类的生物危害以及病原微生物、经人工改造的基因片段从实验室或生产车间的生物逃逸而造成的对环境及物种的不良影响，已经不是理论上进行探讨的“可能”的问题，而是一种摆在我们面前不得不面对的重要的危险因素。

3、 生产原料的影响

兽用生物制品的生产原料大多具有生物活性，因此，原料的纯净与质量不仅仅是产品质量的保证，更是生物安全的保证。不良的原料往往会造成制品的污染，如禽疫苗的生产的主要原料鸡胚，要求用SPF（Specific Pathogen Free;无特定病原）鸡胚，但很多单位依然使用非SPF鸡胚进行生产，而使禽用疫苗中带有支原体、禽白血病病毒或网状内皮细胞增生症病毒等得危险性增加；猪用细胞培养苗中常带有牛病毒性腹泻病毒或猪圆环病毒等；一些传代细胞遗传背景不清、外源病毒检测不完善，有人推测，艾滋病的出现是人们使用了被病毒污染的非洲绿猴肾细胞制备的人脊髓灰质炎病毒疫苗所致。

4、现代生物技术带来的生物安全问题

随着生物技术的不断进步与发展，生物工程产品在农业领域应用越来越多。随之带来的转基因生物安全问题也越来越引起人们的关注。生物工程技术在兽用生物制品的应用主要体现在基因工程疫苗的开发与研究。基因工程疫苗主要是指用重组DNA技术研制的疫苗，包括将保护性抗原基因在原核或真核细胞中表达的生物合成亚单位疫苗；以某些病毒或细菌为外源基因载体的活载体疫苗和通过基因组突变、缺失或插入的基因缺失疫苗；质粒DNA疫苗；现代细胞生物学技术的应用等。虽然目前世界上已经注册并正式投放市场的基因工程疫苗产品并不多，但是它代表疫苗研究的新途径，为克服一些常规疫苗的缺陷带来希望，因此越来越受到重视。转基因兽用生物制品的生物安全问题主要有以下几个方面：

第一，实验室重组DNA试验隐含的生物危害。当开发基因工程疫苗时，首先也是最重要的就是要获得一个符合需要的优秀的基因工程菌（毒）株，因此也就必须进行实验室内的基因切割、连接、修饰等工作。而这些基因工程菌毒株在鉴定为无害或确定安全等级之前，都存在着可预见或潜在的生物安全因素。如某些基因工程菌毒株或基因片段带有致病基因、抗药基因等，如缺乏足够的安全意识使这些菌毒株或基因片段进入到环境中，它们一旦在外界环境中发生突变或与环境中的物种发生基因重组等，很可能就会造成生物灾害。

第二，基因工程工业化生产的潜在危害。工业化生产基因工程产品也同试验室研究一样存在着上述生物危害，但其安全控制却要更加困难。