生产过程中很可能发生意外情况，如设备、通风系统出现故障或停电。因此必须有应急措施，确保生产仍处于受控状态。首先应制订意外情况的应急措施的制度，并对员工进行培训，让他们知道在发生意外情况时应该采取的措施。设备故障，立即通知维修人员进行维修。通风系统故障或停电，不要打开通向低级洁净区的门，立即向上级报告，操作人员应在原地静候尽可能减少人员走动，如通风系统故障在短期内排除及停电在5min内恢复，生产可继续进行。如故障及停电时间较长，人员应慢慢离开操作间，开门、关门应轻手轻脚，尽可能减少对环境的破坏。

空气净化系统恢复后，应待运转一段时间后(具体时间应根据停电或故障时间的长短，及空气净化系统的自净能力由验证数据确定)或者由环境监测人员对环境进行监测，符合要求后方可开始生产。对于注射剂，此种情况下，灌装线(分装线)上的空瓶及胶塞要全部作废品处理。同时应对灌装设备进行在线清洁和在线灭菌，并对环境进行清洁和灭菌。