实施程序化免疫接种，是预防家禽疫病最有效、最关键的措施之一，对规模化养鸡场来说，更应重视。每一个鸡场，都要有适合本场特点的免疫程序，一般在制订免疫程序时应考虑以下几方面的因素：当地家禽疾病的流行情况及严重程度；母源抗体的水平；上次免疫接种引起的残余抗体的水平；鸡的免疫应答能力；免疫的种类；免疫接种的方法；各种疫苗接种的配合；免疫对鸡健康及生产能力的影响等。以下是常用的疫苗及其使用方法。
　　H5N1高致病性禽流感疫苗目前，我国已经成功研制出用于预防H5N1高致病性禽流感的灭活疫苗，非疫区的养殖场应定期接种疫苗，以预防禽流感的发生。
　　使用高致病性禽流感灭活苗免疫时应注意：（1）首先应在家禽机体情况良好的情况下进行；（2）采用胸部肌肉接种，雏鸡注射剂量每只0.3毫升，成鸡每只0.5毫升；（3）在小日龄家禽作首次免疫时，应尽量避开母源抗体高峰期。
　　一般来说灭活疫苗注射后机体需14天才能产生免疫保护，疫苗的免疫期为4个月。在保证疫苗质量的前提下，疫苗须在2℃-8℃条件下保存；此外，免疫接种的时间、品种、母源抗体、接种途径及相应的综合防治措施是否到位，都对禽流感疫苗的免疫效果有决定性的影响。需要说明的是，如果在疫苗免疫保护力产生前已感染了禽流感病毒，尽管接种了疫苗，同样会发生禽流感。
　　鸡新城疫疫苗目前我国生产的鸡新城疫疫苗有I、II、III、IV等4个品系。I系疫苗毒力较强，IV系疫苗（Lasota系）毒力次之，II系疫苗（B1系）毒力较弱，III系疫苗（F系）毒力最弱。II、III、IV系苗适用于雏鸡和成鸡，I系苗只供两个月以上的鸡使用，接种后虽然引起的反应比较重，然而免疫效力坚强，适合于疫病严重流行的地区使用。不过为安全起见，在使用I系苗之前，要先用II或III系苗进行基础免疫。
　　近年来，我国已在推广使用鸡新城疫油乳剂灭活苗，其用法是：1日龄雏鸡用II系苗滴鼻、点眼或气雾免疫；到10日龄时，可皮下注射半剂量的油乳剂灭活苗；到120日龄上笼时，再注射1个剂量的油乳剂灭活苗。雏鸡在10~120日龄期间，如果体内抗体水平降至保护线以下时，还需进行1次IV系苗的气雾免疫。
　　鸡新城疫I系弱毒疫苗：适用于两个月以上幼鸡及成年鸡，又叫成鸡苗，对雏鸡反应大，不宜使用。应用时将疫苗用蒸馏水稀释100倍（冻干苗可按瓶签注明稀释，摇匀后使用）。接种时可用钢笔尖蘸取疫苗，在翅膀内侧无血管处刺种2~3次（约0.1毫升），或稀释1000倍肌肉注射1毫升。接种后3~4天即可产生免疫力，并能保持一年左右。
　　鸡新城疫II系弱毒疫苗：毒力比I系苗弱，多用于两个月以内的幼雏，对其他年龄的鸡（幼鸡、成鸡）亦可使用，常用滴鼻法或滴眼法接种。将疫苗稀释10倍每次给雏鸡滴入鼻孔或眼结膜内1~2滴（约0.03~0.04毫升）即可，接种后7~9天即可产生免疫力，效力可达3~5个月。接种本苗两个月后，再接种一次I系疫苗，免疫力更佳。
　　将II系苗用蒸馏水稀释25~50倍，每毫升（克）疫苗可免疫80只雏鸡。喷雾时，将鸡舍门窗关紧，手持喷头均匀地喷雾。喷后让鸡群在舍内停留20~30分钟，然后再打开门窗。
　　鸡新城疫III系和IV系疫苗：多用于鸡群饮水免疫。将疫苗置于水中稀释，让鸡自由饮用，方法简单，适用于大群免疫。
　　IV系常用于10日龄内的雏鸡，采用两次饮水免疫法，即4~7日龄时，用0.1%浓度的疫苗（即IV系疫苗1毫升加水1000毫升）给幼雏饮水，每雏约饮10毫升，5日左右即可产生免疫力；当雏鸡2月龄时再用III系疫苗进行一次饮水免疫，以后每隔4~5个月依同法进行免疫。
　　III系疫苗适用于7~8日龄的雏鸡，每只用量约为0.01毫升。III系疫苗（冻干苗）每瓶量为1克，加1000毫升摇匀，可供100只雏鸡饮用，1个月以后再饮水免疫1次，稀释度加倍。为保证免疫效果，最好每3个月饮水免疫1次。
　　目前，许多国家还使用一种克隆30鸡新城疫疫苗，它是由Lasota毒株经克隆化而制成的。比宗本毒株致病性低，并在高水平母源抗体条件下，也能产生高度免疫。此苗已被广泛应用于防疫实践，取代了II系苗和Lasota苗。
　　鸡痘疫苗常用鸡痘鹌鹑化弱毒疫苗，用50%的甘油盐水或生理盐水，稀释100倍后应用。要求当天稀释，当天用完。用消过毒的钢笔尖蘸取疫苗，在翅内侧无血管处皮下刺种，1月龄以内鸡刺1下，1月龄以上刺两下。刺种后3~4天，刺种部微显红肿或有水泡，2~3周结痂自愈。如果刺种部位不见这种反应，必须重新刺种。该苗的免疫期为5个月。