辣椒疫病属土传病害，病菌主要靠雨水、灌溉水传播。发病主要在高温高湿的7～9月份，暴雨暴晴后病害易流行。发病后首先出现明显的发病中心，中心的病株率100％，植株茎、果、枝都会发病，最显著的病症是分杈处茎变为黑褐色，果湿腐。疫病发展迅速，不加以控制将导致辣椒大面积枯死。每年都有防治不当的毁种田块。
　　
　　辣椒疫病的防治应以预防为主，发病初期应及时处理。1．预防用药：定植缓苗后特别是雨季之前，应预防用药，用10％科佳2000倍液间隔10天喷1次，连用2次。2．处理中心病株：对发病严重的中心，应马上拔除病株，带出田外烧毁，并对病区土表喷药杀菌。3．治疗用药：对中心区以外的植株用10％科佳1000倍液，间隔7天喷1次，连用3次；还可用69％安克锰锌可湿性粉剂1000倍液或72.2％普力克水剂600倍液或50％瑞毒铜1000倍液或绿乳铜800～1000倍液喷雾，连防2～3次，喷匀喷透，如果茎基部发病严重，可将安克锰锌、普力克对成药土，撒在根围。