81.关于加强外海作业渔船管理的通告（1994年11月9日农业部令第4号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　82.中华人民共和国渔业海上交通事故调查处理规则（1991年3月5日农业部令第4号发布，1997年12月25日农业部令第39号修订）
　　83.农业部关于实施《清理取缔“三无”船舶通告》有关事项的通知（1994年11月8日〔1994〕农渔发21号发布）
　　84.长江渔业资源管理规定（1995年9月28日农渔发〔1995〕29号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　85.中华人民共和国渔业船舶登记办法（1996年1月22日农渔发〔1996〕2号发布，1997年12月25日农业部令第39号、2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　86.沿海和内陆边境水域渔业执法人员制服供应办法（1996年4月16日农渔发〔1996〕5号发布）
　　87.内陆水域渔业执法人员制服供应办法（1996年4月16日农渔发〔1996〕5号发布）
　　88.水域污染事故渔业损失计算方法规定（1996年10月8日农渔发〔1996〕14号发布）
　　89.渔业水域污染事故调查处理程序规定（1997年3月26日农业部令第13号发布）
　　90.中华人民共和国水生动植物自然保护区管理办法（1997年10月17日农业部令第24号发布）
　　91.中华人民共和国渔业船舶普通船员专业基础训练考核发证办法（1998年3月2日农渔发〔1998〕2号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　92.农业部关于在东海、黄海实施新伏季休渔制度的通知（1998年4月2日农渔发〔1998〕6号发布）
　　93.中华人民共和国渔业船舶验船师资格考评管理规定（1998年12月16日农渔发〔1998〕11号发布）
　　94.吕泗、长江口和舟山渔场部分海域捕捞许可管理规定（1999年2月13日农渔发〔1999〕3号发布）
　　95.农业部关于在南海海域实行伏季休渔制度的通知（1999年3月5日农渔发〔1999〕2号发布）
　　96.中日渔业协定暂定措施水域管理暂行办法（1999年3月5日农业部令第8号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　97.中华人民共和国水生野生动物利用特许办法（1999年6月24日农业部令第15号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　98.中华人民共和国管辖海域外国人、外国船舶渔业活动管理暂行规定（1999年6月24日农业部令第18号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　99.渔业船舶航行值班准则（试行）（1999年11月8日农渔发〔1999〕10号发布）
　　100.渔业污染事故调查鉴定资格管理办法（2000年4月12日农渔发〔2000〕7号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　101.中华人民共和国渔业行政执法船舶管理办法（2000年6月13日农业部令第33号发布）
　　102.中华人民共和国渔业港航监督行政处罚规定（2000年6月13日农业部令第34号发布）
　　103.中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域管理办法（2001年2月16日农业部令第47号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　104.水产苗种管理办法（2001年12月10日农业部令第4号发布，2005年1月5日农业部令第46号修订）
　　105.远洋渔业管理规定（2003年4月18日农业部令第27号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　106.水产养殖质量安全管理规定（2003年7月24日农业部令第31号发布）
　　107.渤海生物资源养护规定（2004年2月12日农业部令第34号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　108.中华人民共和国海洋渔业船员发证规定（2006年3月27日农业部令第61号发布）

　　二、部分条款修改的规章
　　1.植物检疫条例实施细则（农业部分）（1995年2月25日农业部令第5号发布，1997年12月25日农业部令第39号、2004年7月1日农业部令第38号修订）
　　修改内容：（1）删除第二十六条。
　　（2）将第二十七条修改为：“国内植物检疫收费按照国家有关规定执行”。
　　2.主要农作物品种审定办法（2001年2月26日农业部令第44号发布）
　　修改内容：（1）将第七条修改为：“品种审定委员会按作物种类设立专业委员会，各专业委员会由9-17人组成，设主任1名，副主任1-2名。”
　　（2）第十二条增加一款，作为第二款：“申请者在申请品种审定过程中隐瞒有关情况或者提供虚假材料的，三年内不受理其申请。”
　　（3）第十三条第（三）项增加：“已经取得植物新品种权的品种，申请品种审定的，应当使用植物新品种权公报公告的名称；已审定通过的品种，申请国家或者其他省、自治区、直辖市审定的，应当使用原公告的品种名称；”