自2016年10月18日起，转基因棉花种子生产经营将遵守新修订的《转基因棉花种子生产经营许可规定》。10月18日前取得的转基因棉花种子生产、经营许可证有效期不变；有效期在10月18日至2016年12月31日届满的企业，其原有转基因棉花种子生产、经营许可证的有效期自动延展至2016年12月31日。

根据《种子法》《农业转基因生物安全管理条例》和《农作物种子生产经营许可管理办法》规定，农业部修订了《转基因棉花种子生产经营许可规定》（农业部公告第2436号）。2011年9月6日发布的《转基因棉花种子生产经营许可规定》同时废止。

转基因棉种生产经营许可证，由企业所在地省级农业主管部门审核，农业部核发。

申领转基因棉花种子生产经营许可证的条件，品种方面，具有转基因棉花自育品种或作为第一选育人的品种1个以上，或者合作选育的品种2个以上，或者受让品种权的品种3个以上。生产经营的品种应当通过审定并取得农业转基因生物安全证书；生产经营授权品种种子的，应当征得品种权人的书面同意。办公场所和设备方面，具有办公场所200平方米以上，检验室150平方米以上，加工厂房500平方米以上，仓库500平方米以上；具有净度分析台、电子秤、样品粉碎机、烘箱、生物显微镜、电子天平、扦样器、分样器、发芽箱、PCR扩增仪及产物检测配套设备、酸度计、高压灭菌锅、磁力搅拌器、恒温水浴锅、高速冷冻离心机、成套移液器等仪器设备，能够开展四项指标检测及品种分子鉴定；具有种子加工成套设备，成套设备总加工能力每小时1吨以上，配备棉籽化学脱绒设备。

其他要求包括：具有种子生产、加工贮藏和检验专业技术人员各3名以上，农业转基因生物安全管理人员2名以上；种子生产地点、经营区域在农业转基因生物安全证书批准的区域内；符合棉花种子生产规程以及转基因棉花种子安全生产要求的隔离和生产条件，生产地点无检疫性有害生物；有相应的农业转基因生物安全管理、防范措施等。