随着我国畜禽养殖业的迅速发展，出现了布局不合理、种养脱节等问题，畜禽粪污未得到科学处置利用，既浪费资源，又污染环境，并成为湖库富营养化等水质恶化的重要原因。《水十条》提出了“调布局、建设施、促利用”全过程控制思路，要求调整优化布局，实施养殖场清洁生产及粪污资源化利用，促进产业良性发展，减少对水环境的污染。

　　一是强化源头控制，调整养殖布局。长期以来，我国畜禽养殖业单纯面向市场自由发展，导致了布局不合理等问题，部分饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区等敏感水体面临养殖污染风险。《水十条》从优化布局入手，将“调整养殖布局、降低污染风险”作为重点任务之一，明确了科学划定畜禽养殖禁养区、关闭或搬迁禁养区内的养殖场（小区）和养殖专业户等任务和完成时限，从源头上防范畜禽养殖污染风险。

　　二是建设治污设施，促进清洁养殖。畜禽养殖业疫病风险高，疫病往往给养殖者带来巨大损失。清洁养殖对防控疫病起到重要作用。我国规模化养殖程度低，养殖企业的环保意识差、经济基础不强，抵御市场波动和疫病风险的能力弱，清洁生产水平不高。《水十条》要求，现有规模化畜禽养殖场（小区）要根据污染防治需要，配套建设粪便污水贮存、处理、利用设施，新建、改建、扩建的要实施雨污分流，散养密集区要实施污水分户收集和集中处理利用。从而实现养殖场粪污清洁规范存储，既能提高养殖场清洁生产水平，又能改善水环境质量，还能促进行业健康发展。

　　三是加强种养结合，引导综合利用。畜禽粪污是天然的肥料资源。由于国家化肥补贴和农村生产生活方式、劳动力结构的变化，畜禽粪肥种植业应用受到限制，既浪费资源又污染环境。种养结合不足是我国畜禽养殖污染的重要原因之一。《水十条》强调粪污资源化利用，支持和鼓励采取粪肥还田、制取沼气、发电、制造有机肥等方式，促进就地就近消纳利用畜禽养殖粪污，实现农业发展方式转型与环境保护双赢的目标。