首先，垮县域流转挂钩指标政策将对这一试点政策本身的规范化程度和监管强度提出更高的要求。在没有更加严格、规范、全面而又有保障的制度措施、项目运作或管理经验、以及高素质的人才组织队伍的情况下，创新后的增减挂钩项目将可能出现更加严重的失控局面，从而不仅达不到保护耕地的目标，反而会成为破坏耕地的制度性原因。因此，政策创新试点应该尽量选择那些实施现行增减挂钩项目比较规范、完善且积累了丰富经验的地区，并要对项目区进行严格的控制。

　　其次，跨县域流转挂钩指标对县、市政府之间的行政权力配置和定位提出了更高要求。清远市强调跨县配置的指标是指在确保满足当地需求基础之上的结余指标，这说明当地对于市域和县域间的关系问题至少是曾经纳入了考虑的，这一点很重要。只有那些市域经济体已经足以超越县域经济体基础地位的地方，才可能具备实施跨县配置用地指标的条件，从而实现整体的市域经济社会发展的规划目标。因此，对于那些目前还主要是以“县域经济”作为地方经济社会发展基本单元的地区，倘若此时放开县域间挂钩指标的交易市场，将可能不仅达不到市场优化资源配置基础性作用的预期目标，甚至反而因为供求关系的结构性力量造成严重的市场失灵，成为区域间经济社会发展差距进一步拉大的体制性根源。总之，没有一个统筹能力很强的上级政府，跨县挂钩指标的交易创新便应该慎行。

　　最后，需要转变现行耕地保护的基本思路，更加重视对粮食生产能力的保护而不是片面的耕地数量保护。站在国家的角度上看，增减挂钩政策究竟是为了保护耕地面积？还是粮食生产能力？一个常识是，农村建设用地与城市建设用地差别极大，农村建设用地的开发强度不高、可逆性强，复垦为耕地的成本很低，恢复地力的周期很短，从而是非常重要的耕地后备资源，具有可观的粮食生产能力。因此，农村建设用地既不能、也不应该与城市建设用地相“挂钩”。由于当前我国粮食供给充裕，国内外粮食市场稳定，蕴含在这些农村集体建设用地上的耕地生产潜能没有被开发出来，这是农民的理性选择，也符合基本经济规律。但现行的增减挂钩政策却要在此时将这些土地的粮食潜力挖掘出来，变成实实在在的耕地面积和粮食产量，这在本质上损害我国整体的粮食生产潜力。这说明我国耕地保护制度，应该从保护现有耕地向保护粮食生产潜力的方向转变。这可能是一个更加迫切的课题。