乡村社会治理作为国家整体治理的组成部分，是国家治理体系与治理能力现代化建设的重要因素。当前，城市化进程的不断推进，使我国城乡之间之前相对隔绝的状态被彻底打破，农村人口大量涌进城市，带来了城乡之间的密切化交流，不仅在一定程度上弥合了城乡之间的发展差距，还有效地促进了对现代社会治理理念的共同认知，为城乡并轨同治提供了重要前提。同时，也使当前乡村社会治理面临着前所未有的困境。

　　人口的净流出带来乡村社会治理主体的弱化。新中国成立前，我国乡村基本上是个人口相对稳定的封闭的区域，也即常说的熟人社会。在熟人社会中，以宗族制度为主体，辅以宗教、伦理道德、村规民约的治理机制在乡村社会的有效治理中发挥着重要作用。改革开放后，大规模城市化的出现，使我国乡村人口净流出加剧，这其中包括大量的乡村精英。有学者统计：人口规模的减少在部分村落达到全村人口的60%~70%，一般都在40%以上。乡村经济、政治精英的城市化流动，导致乡村出现治理能人的短缺；非精英乡村居民原本是乡村社会治理的重要参与主体，是乡村精英开展社会治理工作的基础性支撑，他们大量涌入城市，使乡村居民呈现出“386199”的特点，总体上加剧了乡村社会治理主体治理能力的弱化。

　　集体经济薄弱带来乡村社会治理资源的稀缺。乡村社会治理所必需的资源供给，主要存在三种途径：一是国家财税投入。虽然国家逐年加大了对乡村治理资源的投入，但受制于财力，这种投入目前在大部分地区仍难以成为主体。二是集体经济投入。在当前我国大部分地区，集体经济投入仍是社会治理资源的主要获取途径。三是捐赠。捐赠可能来源于走出去的乡村精英、社会组织及相关的企事业单位。目前还不是普遍存在，且资源获取份额在所有途径中占比较小。

　　大规模的城市化，使我国城市经济社会得以快速发展，但由于受制于二元体制，乡村集体经济并未得到理想化的发展。其原因主要有：人口的大规模迁移，使乡村集体经济发展缺少必要的人力资源与集中的消费群体；基于效率，集体经济通常会遭遇城市经济的淘汰；规模经济的政策导向等。在我国目前大部分地区，乡村集体经济发展仍然薄弱，甚至于空白。以江苏省淮安市为例，全市1536个村，2006年村集体经济总收入1.51亿元，村均9.87万元，有335个村集体经济收入为零、欠债累累。直至2011年全市1536个村集体经济才实现全部破零，且仍有不少村集体经济低于10万元。基于当前我国总体乡村集体经济较弱的现实，大部分乡村社区仅依靠国家投入尚难以获取充裕的社会治理资源供给，致使乡村社会治理出现“资源缺乏”的疲软症。

　　文化过渡断层带来乡村社会治理观念的冲突。在市场经济的深度冲击下，城市化进程的加快，乡村新生代更多地接受到现代社会文化，包括政治文化，带来了传承了几千年的乡村文化传统出现代际割裂，以儒家伦理思想为核心的乡村文化传统受到市场平等观念的冲击，使新老代际之间呈现出社会治理观念的冲突。传统乡村文化保守派坚守“宗族”“儒家伦理”与传统惯习在乡村社会治理中的权威性，对民主政治、经济理念持否定态度；接受政治民主与市场经济平等理念的新一代对老调重弹的“伦理”“宗法”“长幼有序”等传统观念严重不满，主张以更加民主的、更为经济效率的理性化方式治理乡村社会。这两种社会治理观念的冲突特别是在经济欠发达地区仍较为普遍存在，已成为掣肘乡村社会治理绩效的重要因素，也成为我国现代治理体系建设不得不面对的价值选择问题。

　　腐败问题频现带来乡村社会治理合法性削弱。大规模城市化，使得城市规模不断扩张，大量城中村、城郊村出现，在城市的辐射下，这些村落汲取了较多的经济资源，也为乡镇政府、村级基层党组织及村民委员会等基层社会治理主体腐败带来了原始动机。在离城镇较为偏远的乡村，由于人口的空心化与基层政府监督的弱化，也常被腐败问题困扰。最高人民检察院的数据显示：2009年，全国检察机关共立案侦查涉农贪污贿赂犯罪案件8032件10935人，涉案金额13.4亿余元；立案侦查涉农渎职侵权犯罪案件2097件2692人。近些年来，无论从案件数量、涉案金额、人员数量等都呈上升趋势。城市化过程中基层激增的腐败问题，带来乡村治理主体及治理行为的合法性削弱。