第二个阶段是农产品供应相对丰裕时代的市场流通放开、市场主导和政府调节。上个世纪90年代中期以后，农产品供求关系发生重大变化，农产品供应进入相对丰裕时代，国家逐步全面放开农产品收购市场，引入新的农产品价格支持政策和价格调控体系，在粮食价格调控管理上取得很大成功，实现了粮食价格的温和上涨。

　　当前农产品价格管理面临的新挑战，主要有：一是农村经济结构和社会结构以及农业生产经营方式处于快速变化过程中，不同农产品价格的变化及其影响差异很大，现行的农产品价格支持保护政策还存在很多不足和缺陷，总体上比较粗放，不适应现代市场经济条件下管理到户 （农户家庭，包括一般大户和一般农户）、管理到企（各种企业，包括国有企业、民营企业）和管理到链（行业和产业，包括产业链和供应链）的要求，在管理方式上需要不断完善、深化和细化。在农产品价格管理制度上，政府既要有所为，界定和保护财产，重点保护生产者的基本收益，解决总量矛盾和结构矛盾以及外部性问题，也要有所不为，让价格信号更好反映市场供求关系和农产品生产供应的完全成本和社会成本，激励技术创新，促进微观主体发挥比较优势，发挥市场在资源配置中的决定性作用。

　　二是农产品市场流通体系建设不完善，市场竞争不充分，特别是地方国有粮食收购企业改革滞后，资源整合不足，农产品市场流通系统的活力、效率与国际市场相比还存在很大差距，难以满足保供稳价的要求。主要表现是，农产品的流通和储备成本偏高，挤占了农业生产经营的增值收益空间；农产品市场流通存在障碍，政府采取经济手段对市场进行应急调控乏力，一方面农产品卖难和增产不增收的问题时有发生，另一方面在农业减产或出现自然灾害等应急情况时，抢购农产品和哄抬价格现象时有发生。

　　三是国内外农产品差价缩小，挤压政策调控空间。中国是目前世界上人口最多的国家，农产品消费还处于快速增长阶段，农产品生产增长受到自然资源和技术瓶颈限制增长潜力有限，油料和饲料粮等农产品供求存在缺口；中国在今后很长一段时间内仍是发展中国家，不少城乡居民对高价农产品供给的承受力仍然是有限的，对CPI的变化仍然非常敏感，经济增长对劳动力供给成本快速提高的承受力也是有限的，决定了农产品的保供应、稳价格任务极其艰巨复杂；而农产品价格的影响因素复杂化，政府对农产品价格的调控能力有限，农产品价格的波动对生产供给和消费需求产生重要影响。不仅如此，世界农产品价格的波动性和不确定性也在增强，随着农产品流通市场扩大，国内外市场经营主体多元化、多样化和多种形式并举，信息化发达，市场竞争白热化，市场投机性加剧，一个小的政策失误形成的经济影响可能会被迅速放大，对整个市场乃至社会发展造成影响。

　　加强基本经营收益保护和提升市场在优化配置资源中的功能

　　未来中国对农产品价格管理政策进行改革完善的核心，是要顺应形势发展变化新需要，创新保供应、稳价格的方式，加强农业基本经营收益保护，采取更直接、更有力和更有效的农业基本经营收益保护措施，持续提高农业综合生产能力，逐步替代政府直接组织的临时收储及储备调控，减少政府干预对市场配置资源的不利影响，同时更好发挥政府在市场建设、战略储备和应急调控中的功能，实现保供稳价、开放高效、有管有调、管调结合和可持续发展。

　　第一，转变农业生产价格支持方式，逐步引入更直接、更细致和更合理的目标价格补贴制度。在农村土地流转和农业规模经营发展发生较大变化以及政府市场调查统计信息系统比较完善可靠的条件下，国家对主产区农民的生产价格支持办法应该相应调整，从托市收购逐步转变为差价补贴，补贴资金的支付从管理到企（国有收储企业及农业企业）转为管理到户（种粮农户及生产者），政府干预的领域从物流管理（委托国企储备收购再拍卖）转为利益管理（将政策性补贴利益更多提供给农民，仓储流通成本部分由政府承担，部分由企业分担），按照农户在市场上自由出售粮食、棉花、油料、食糖等价格低于国家规定的最低收购价或保护价的差额计算差价损失，在生猪市场调控中引入生猪生产周期性亏损救助机制，由财政直接支付到户（农户和生产者），实行更直接和更细致的农业基本经营收益保护，提高农民生产的积极性，促进农业生产稳定发展。